GSE151325：RNA-Seq分析揭示丁酸钠在DN小鼠模型中的关键转录组变化

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE151325

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数据说明

糖尿病肾病（DN）作为糖尿病的常见并发症，是终末期肾病的主要原因。丁酸钠（NaB）是肠道细菌代谢产物中的一种短链脂肪酸，其肾脏保护作用已在DN中有报道。然而，其潜在机制仍不清楚。本研究旨在探讨NaB对DN中整体转录组变化的影响。在我们的研究中，将建立DN模型的8周龄雄性db/db小鼠随机分为两组：DN+NaB组（DN小鼠接受NaB治疗，5g/kg/天）和DN组（DN小鼠接受生理盐水治疗）。同时，以正常db/m小鼠作为NC组。此外，测量三组小鼠的血糖、体重、尿微量白蛋白和尿肌酐。通过RNA测序（RNA-Seq）进行全转录组分析，以评估lncRNA和信使RNA（mRNA）的表达谱。进行生物信息学分析以预测DN中潜在的NaB相关lncRNA和基因。

通过定量实时聚合酶链反应(qRT-PCR)检测了经NaB处理的肾组织及系膜细胞中lncRNAs和mRNAs的表达。本研究结果表明，NaB改善了DN小鼠的肾功能障碍。此外，RNA-Seq结果鉴定出，与DN组相比，DN+NaB组中有17个lncRNAs和180个mRNAs发生反向变化。另外，NaB相关lncRNAs的综合共表达网络显示，这些lncRNAs与155个关键mRNAs相互作用。与免疫应答、抗原加工与呈递及对抗原刺激的急性炎症反应相关的mRNAs共表达网络。qRT-PCR数据显示，在DN小鼠及高糖条件下的系膜细胞中，NaB使8个mRNAs和7个lncRNAs表达异常。此外，炎症相关lncRNAs和mRNAs的共表达网络表明，那17个反向变化的lncRNAs

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。