肾脏肾小球单细胞转录组图谱：关键细胞类型及损伤反应

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE146912

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

背景：肾小球是一种特化的毛细血管床，参与尿液生成和血压调控。肾小球损伤是慢性肾脏病的主要原因，而慢性肾脏病是一种广泛流行的疾病，目前尚无治疗选择。单细胞转录组学极大地提高了我们表征复杂器官（如肾脏）的能力。然而，由于肾小球细胞数量稀少且难以处理，在以往的单细胞肾脏研究中，这些细胞在很大程度上被低估了。方法：我们采用单细胞RNA测序技术，全面表征了健康小鼠及四种不同疾病模型（肾毒性血清肾炎、糖尿病、多柔比星毒性、CD2AP缺陷）肾小球中不同类型的细胞。结果：通过无监督聚类分析，我们鉴定了肾小球中的所有细胞类型。我们发现了系膜细胞、入球和出球小动脉的血管平滑肌细胞、壁层上皮细胞以及三种不同类型内皮细胞的新标记基因和基因特征。

对疾病模型的分析揭示了肾小球中细胞类型特异性和损伤类型特异性的反应，包括肾毒性免疫损伤后足细胞中Hippo通路的急性激活。结论：我们已生成健康和受损小鼠肾脏肾小球的全面高分辨率单细胞转录组图谱。该数据集为识别新的疾病相关基因和通路提供了有价值的资源。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。