应激诱导的RNA-染色质相互作用促进内皮功能障碍（scRNA-seq）

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE135356

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

染色质相关RNA（caRNA）被认为是一种表观基因组修饰因子。本研究检验环境应激是否可通过调控RNA-染色质相互作用诱导细胞功能障碍。我们采用高糖和TNFα（H+T）诱导内皮细胞（EC）功能障碍，以模拟糖尿病中常见的应激状态。我们通过单细胞（sc）RNA测序表征H+T诱导的基因表达变化，通过Hi-C表征DNA相互作用，通过iMARGI表征RNA-染色质相互作用。H+T诱导染色体间的RNA-染色质相互作用，尤其是在超级增强子之间。为检验H+T诱导的RNA-染色质相互作用与EC功能障碍相关基因表达之间的因果关系，我们抑制LINC00607 RNA。该抑制减弱了SERPINE1的表达，后者是一个关键的促炎和促纤维化基因。此外，糖尿病与健康供体来源ECs之间共表达基因网络的变化印证了H+T诱导的RNA-染色质相互作用。综上所述，caRNA介导的基因表达失调调控EC功能障碍，这是众多疾病背后的关键机制。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。