糖尿病肾病人肾小球基因表达谱

该数据集来自 omicsdi.org,提供糖尿病肾病人肾小球的基因表达谱数据,属于 TransQST 集合的一部分。数据以转录组学为主题,覆盖糖尿病、肾脏与肾小球相关关键词,可用于研究糖尿病肾病中肾小球基因表达变化及相关分子机制(来源 omicsdi.org)

omicsdi
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基因组分类Transcriptomics
Gene expression profiling in glomeruli from human kidneys with diabetic nephropathy

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-18

资源简介

糖尿病肾病人肾小球基因表达谱

该数据集英文名为 Gene expression profiling in glomeruli from human kidneys with diabetic nephropathy,来自 omicsdi.org,提供糖尿病肾病人肾小球的基因表达谱数据,属于 TransQST 集合的一部分。数据以转录组学为主题,覆盖糖尿病、肾脏与肾小球相关关键词,可用于研究糖尿病肾病中肾小球基因表达变化及相关分子机制。在分类上,该数据集归入内分泌、营养和代谢疾病中的糖尿病方向,围绕人肾小球这一特定组织部位展开基因表达层面的观测,为理解糖尿病背景下肾脏滤过相关结构的分子改变提供了转录组学视角的数据基础。

【数据集背景】

糖尿病肾病是糖尿病常见的肾脏并发症,肾小球作为肾脏滤过功能的核心结构,其基因表达变化与疾病发生发展密切相关。该数据集聚焦于人类糖尿病肾病患者肾脏肾小球的基因表达谱,旨在从转录组层面刻画病变肾小球中的基因表达特征。数据集属于 TransQST 集合的一部分,这一归属表明其被纳入更广泛的转录组学数据资源体系之中,便于与其他相关数据共同支撑肾脏与代谢疾病方向的研究。

【数据内容】

该数据集的主题标签为 Transcriptomics,即转录组学,核心内容是来自人类糖尿病肾病肾脏肾小球的基因表达谱。源站描述中列出的关键词包括 Diabetes(糖尿病)、kidney(肾脏)、glomeruli(肾小球)以及 other,反映出数据覆盖的疾病背景、组织部位与观测层次。数据以基因表达谱形式呈现,围绕肾小球这一组织样本展开,可用于比较或分析糖尿病肾病状态下肾小球内基因表达的变化情况。除上述关键词与主题信息外,源站未提供关于样本数量、基因数量、检测平台、表达量单位等更细化的数据内容说明。

【采集与来源】

该数据集来源于 omicsdi.org,源站描述明确指出其属于 TransQST 集合的一部分。数据涉及人类糖尿病肾病肾脏肾小球的基因表达谱,说明其样本来源为人肾脏肾小球组织。关于具体的样本采集流程、伦理审批信息、实验操作细节以及数据处理步骤,源站未提供。

【适用场景】

基于其转录组学主题与糖尿病肾病肾小球的组织定位,该数据集适用于研究糖尿病肾病中肾小球基因表达变化及相关分子机制。研究者可将其用于探索糖尿病背景下肾小球转录组的整体特征,识别与疾病相关的表达模式,或作为肾脏与代谢疾病方向转录组分析的数据资源。由于数据属于 TransQST 集合,也可在相关转录组学数据整合与比较研究中作为组成部分使用。源站未提供关于具体分析应用或验证结果的更多说明。

【使用方法】

源站未提供该数据集的具体使用方法,包括数据下载方式、文件格式、分析流程或配套工具等信息。使用者需依据 omicsdi.org 平台及 TransQST 集合的相关说明获取和使用数据。

【质量与限制】

源站未提供关于数据质量评估、样本规模、平台信息、缺失值处理或批次效应等方面的说明。该数据集的组织定位为人肾小球,疾病背景为糖尿病肾病,使用时应结合这一范围理解其适用边界。除此之外,源站未提供其他质量与限制相关信息。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用方式与许可信息。

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源站:https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-1009

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

人类糖尿病肾病肾小球基因表达谱分析 关键词 = 糖尿病 关键词 = 肾脏 关键词 = 肾小球 关键词:其他。该数据集是TransQST集合的一部分。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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