ERCB-Nephromine-EuRenOmics 数据库
数据整合了欧洲肾脏 cDNA 库（ERCB）中 289 位患者的肾活检样本，包含 369 个样本（183 个肾小球、186 个肾小管间质）及其基本临床数据，涵盖微小病变肾病、局灶节段性肾小球硬化和膜性肾病等患者
基本信息
资源简介
ERCB-Nephromine-EuRenOmics 数据库
ERCB-Nephromine-EuRenOmics Database
该数据集来自 ERCB-Nephromine-EuRenOmics Database，属于内分泌、营养和代谢疾病 / 糖尿病分类，来源站为 doi.org，发布时间为 2014-02-21。数据整合了欧洲肾脏 cDNA 库（ERCB）中 289 位患者的肾活检样本，包含 369 个样本（183 个肾小球、186 个肾小管间质）及其基本临床数据，涵盖微小病变肾病、局灶节段性肾小球硬化和膜性肾病等患者。可用于罕见肾脏疾病的多尺度数据整合与生物信息学分析（来源 figshare，CC BY 4.0 许可）。
【数据集背景】
源站首次发布：2014-02-21。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：WP7 的主要目标是通过整合多样的大规模数据源，构建罕见肾脏疾病的多尺度视图。WP 2-6 中生成的数据以及来自合作联盟和公开可用数据集的数据将被实施到 EURenOmics 平台中。欧洲肾脏 cDNA 库（ERCB）拥有超过 2600 份肾活检样本及匿名临床参数。在该联盟中，已从 289 位患者的肾小球和肾小管间质标本中生成了超过 550 个基于 Affymetrix 的全基因组数据集。其中，一个包含 369 个样本（183 个肾小球、186 个肾小管间质）及其基本临床数据的数据集已被选中整合到 EURenOmics 数据库中。这些数据包括微小病变肾病（n=24）、局灶节段性肾小球硬化（n=47）、膜性肾病（n=39）患者的数据，但也包括来自 di 患者的数据
【数据结构与技术规格】
文件数 1 个，合计 1.26 MB。数据集 DOI：10.6084/m9.figshare.940987.v1。
【主题与分类】
源站学科分类：Other biomedical and clinical sciences not elsewhere classified、Bioinformatics and computational biology not elsewhere classified。主题标签：EURenOmics Database、ERCB、Nephromine、Medicine、Bioinformatics。本站分类：内分泌、营养和代谢疾病/糖尿病。
【适用方向】
源站学科分类标注为 Other biomedical and clinical sciences not elsewhere classified、Bioinformatics and computational biology not elsewhere classified。
【获取与许可】
源站页面：https://figshare.com/articles/dataset/ERCB_Nephromine_EuRenOmics_Database/940987
使用许可：CC BY 4.0（https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/）。
规范引用：Lindenmeyer, Maja; Grote, Korbinian; Martini, Sebastian; Werner, Thomas; Kretzler, Matthias; D. Cohen, Clemens (2014). ERCB-Nephromine-EuRenOmics Database. figshare. Dataset
【使用注意】
· 源站最后修改于 2023-05-31，引用时请注意版本时效。
下载信息
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使用方式
数据集获取
源站：https://doi.org/10.6084/m9.figshare.940987.v1
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据集大小约 1.3 MB。
数据说明
WP7的主要目标是通过整合多样的大规模数据源，构建罕见肾脏疾病的多尺度视图。WP2-6产生的数据，以及来自合作联盟和公开可用数据集的数据，将在EURenOmics平台中实施。欧洲肾脏cDNA库(ERCB)拥有超过2600份匿名临床参数的肾脏活检样本。在该联盟中，已从289名患者的肾小球和肾小管间质标本中生成了超过550个基于Affymetrix的全基因组数据集。其中，选取了一个包含369个样本(183个肾小球，186个肾小管间质)及其基本临床数据的数据集，以整合到EURenOmics数据库中。这些数据包括微小病变病患者(n=24)、局灶节段性肾小球硬化症患者(n=47)、膜性肾病患者(n=39)的数据，还包括糖尿病肾病(n=11)、高血压肾病(n=35)、IgA肾病(n=52)和狼疮性肾炎(n=64)患者的数据。来自活体供者的移植前活检被用作对照(n=84)。转录组数据的另一个资源是Nephromine(http://nephromine.org)。
这是一个基于网络的肾脏特异性系统生物学搜索引擎，提供来自20个公开可用的基因表达数据集的数据，这些数据集包含1757个样本（小鼠和人类），整合了临床数据，并支持多种分析（差异基因表达、共表达、离群值分析和概念关联）。已定义了一个基本数据库概念，并生成了一个基于网络的功能性数据存储库，允许顺畅的上传和下载以及合作伙伴之间的数据共享。上传的数据将用于建立一个多层次分析域（EuRenOmics数据库），该分析域允许整合来自不同组学平台的数据以及临床信息的实施。该交互式平台提供标准化和协调的数据集，并使用Genomatix的GeP现有架构。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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