数据集D1:糖尿病血清蛋白质组iTRAQ分析

该数据集来自omicsdi.org,属于内分泌系统疾病/糖尿病分类,主题为Proteomics。源站描述显示,D1_1与D1_2为对去 depleted 血清样本进行的8 plex iTRAQ分析,文件为经Orbitrap Velos与Proxeon毛细管LC组合分析所收集SCX馏分的mgf文件,采

omicsdi
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蛋白质Proteomics
Data set D1

基本信息

模态
蛋白质
创建/更新时间
2026-10-18

资源简介

数据集D1:糖尿病血清蛋白质组iTRAQ分析

Data set D1 是一个以蛋白质组学为主题的数据集,收录于 omicsdi.org,在本站归入内分泌系统疾病 / 糖尿病分类。该数据集的核心内容是对去 depleted 血清样本开展的 8 plex iTRAQ 分析,包含 D1_1 与 D1_2 两组实验,数据文件为经强阳离子交换(SCX)馏分收集后、使用 Orbitrap Velos 与 Proxeon 毛细管液相色谱组合进行分析所得到的 mgf 文件,肽段碎裂采用 HCD 方式。整体而言,该数据集提供了血清蛋白质组定量分析产生的质谱峰文件,可供从事糖尿病相关蛋白质组研究的人员参考与再利用。

【数据集背景】

该数据集归属于内分泌系统疾病 / 糖尿病分类,主题标签为 Proteomics。血清是临床蛋白质组研究中常用的样本类型,去 depleted 血清样本指经过高丰度蛋白去除处理的血清,其目的在于降低高丰度蛋白对低丰度蛋白检测的遮蔽效应,从而提升对潜在标志物的检出能力。该数据集正是在这一样本处理策略下产生的蛋白质组学实验数据,面向糖尿病等内分泌系统疾病研究背景下的血清蛋白定量分析需求。

【数据内容】

数据集包含 D1_1 与 D1_2 两组 8 plex iTRAQ 分析。iTRAQ 是一种基于同位素标记的相对定量技术,8 plex 表示可在一次实验中并行比较八个样本标记通道。数据文件形式为 mgf 文件,即质谱峰列表文件,来源于对收集的 SCX 馏分所进行的质谱分析。mgf 文件通常用于后续的肽段与蛋白质鉴定及定量搜索。关于样本的具体数量、分组设计、临床信息以及所鉴定的蛋白质数量,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 omicsdi.org。实验采用 Orbitrap Velos 质谱仪与 Proxeon 毛细管液相色谱组合进行分析,色谱分离前样本经过 SCX 馏分收集,质谱碎裂方式为 HCD。上述信息描述了数据产生的仪器平台与实验流程框架。关于样本采集地点、时间、伦理审批及具体实验操作参数,源站未提供。

【适用场景】

基于其主题与数据类型,该数据集适用于血清蛋白质组的定性与相对定量分析场景,例如对去 depleted 血清中蛋白丰度差异的比较研究,以及围绕糖尿病等内分泌系统疾病的候选标志物探索。mgf 文件可导入常见的蛋白质组学搜索软件进行肽段鉴定与定量。关于该数据集在具体疾病亚型、人群或临床终点上的适用性,源站未提供。

【使用方法】

使用者可获取 D1_1 与 D1_2 对应的 mgf 文件,结合适当的蛋白质序列数据库与搜索参数进行数据库搜索,以获得肽段和蛋白质鉴定结果,并依据 iTRAQ 报告离子信息开展相对定量。由于数据来自 SCX 馏分,分析时需考虑馏分间的合并与归一化处理。关于推荐的分析软件、搜索参数及定量策略,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为 8 plex iTRAQ 标记的血清蛋白质组数据,去 depleted 处理有助于降低高丰度蛋白干扰,但血清样本的复杂度与动态范围仍可能影响低丰度蛋白的检出。数据以 mgf 峰文件形式提供,未包含原始质谱文件。关于数据的重复性、缺失值情况、定量准确性评估及质控指标,源站未提供。

【引用与许可】

该数据集通过 omicsdi.org 获取。关于原始文献引用信息、数据许可条款及使用限制,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://omicsdi.org/dataset/massive/MSV000078748

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

D1_1和D1_2是对去 depleted 血清样本进行的8 plex iTRAQ分析。该文件代表了使用Orbitrap Velos-Proxeon毛细管LC组合分析的收集SCX级分的mgf文件。使用了HCD碎裂。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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