九种犬类全基因组研究：比利时牧羊犬果糖胺血清浓度调控的两个位点数据

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源站：https://doi.org/10.5061/dryad.ft6fv

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数据集大小约 64.1 MB。

数据说明

糖尿病是犬类和人类面临的严重健康问题。某些犬种该病患病率高，而其他犬种则风险较低。果糖胺和糖化血红蛋白（HbA1c）是血糖的两种主要生物标志物，其血清浓度反映过去数周至数月内的葡萄糖周转情况。在本研究中，我们利用九个犬种的数据，寻找影响健康犬血清果糖胺浓度变异的遗传因素。将所有犬种合并考虑时，我们未发现任何与血清果糖胺浓度全基因组显著相关的位点。然而，通过进行犬种特异性分析，我们在比利时牧羊犬中发现了位于CFA 3上的一个关联（校正p值 ≈ 1.68 × 10−6）。该关联区域及其邻近区域包含一些有趣的候选基因，如LETM1和GAPDH，这些基因在葡萄糖代谢中具有重要作用，且此前已被认为与糖尿病的病因相关。为进一步探究这种犬种特异性的遗传学基础，我们在全基因组范围内筛选了比利时牧羊犬特有的杂合性降低片段。

这揭示了一个杂合性降低的区域，该区域与CFA3上的关联区域显示出统计学显著的交互作用（p = 0.025）。此区域还包含一些有趣的候选基因和调控区域，但交互作用的确切机制仍不清楚。尽管如此，这一发现为犬类复杂性状的品种特异性遗传效应提供了一个合理的解释。牧羊犬品种患糖尿病的风险较低。比利时牧羊犬中的发现可能与针对该疾病的保护机制有关。进一步了解葡萄糖代谢的调控机制，可能有助于改进糖尿病的诊断和治疗方法。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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