D5_iTRAQ 糖尿病血清蛋白质组数据
D5_iTRAQ 是来源于 omicsdi.org 的蛋白质组学数据集,归入内分泌系统疾病/糖尿病分类。该数据包含 D5_1 与 D5_2 两组 8 重 iTRAQ 分析,针对去 depleted 血清样本,文件为收集的 SCX 馏分的 ProteinPilot 组文件,采用 Orbitrap Ve

基本信息
资源简介
D5_iTRAQ 糖尿病血清蛋白质组数据
D5_iTRAQ 是一个来源于 omicsdi.org 的蛋白质组学数据集,归入内分泌系统疾病 / 糖尿病分类。该数据集围绕血清样本的定量蛋白质组分析展开,包含 D5_1 与 D5_2 两组 8 重 iTRAQ 分析,所用样本为去 depleted 血清样本。数据文件为收集的 SCX 馏分的 ProteinPilot 组文件,这些馏分通过 Orbitrap Velos 与 Proxeon 毛细管液相色谱组合进行分析,并采用 HCD 碎裂方式。数据集以 Proteomics 为主题标签,整体定位于为糖尿病相关研究提供蛋白质组学层面的数据资源。
【数据集背景】
该数据集所属分类为内分泌系统疾病 / 糖尿病,主题标签为 Proteomics。从分类归属看,其应用语境与糖尿病这一内分泌系统疾病相关,属于蛋白质组学数据资源。数据集英文名称为 D5_iTRAQ,名称中的 iTRAQ 指向其采用的同位素标记相对和绝对定量技术路线。源站描述表明,D5_1 与 D5_2 是两组 8 重 iTRAQ 分析,分析对象为去 depleted 血清样本。关于该数据集的具体研究背景、课题目标、样本来源人群及实验设计细节,源站未提供。
【数据内容】
数据集包含 D5_1 与 D5_2 两组 8 重 iTRAQ 分析所对应的数据。文件形式为收集的 SCX 馏分的 ProteinPilot 组文件。SCX 馏分指经强阳离子交换分级收集的组分,ProteinPilot 组文件则对应 ProteinPilot 软件处理产生的分组结果文件。样本类型为去 depleted 血清样本,即经过 depletion 处理后的血清。关于每组 8 重标记的具体样本构成、标记通道与生物学分组的对应关系、蛋白与肽段鉴定数量、定量结果表等内容,源站未提供。
【采集与来源】
该数据集来源于 omicsdi.org。数据采集相关描述指出,收集的 SCX 馏分通过 Orbitrap Velos 与 Proxeon 毛细管液相色谱组合进行分析,并采用 HCD 碎裂方式。也就是说,液相色谱分离与 Orbitrap Velos 质谱检测联用,碎裂采用 HCD。关于色谱梯度、流动相、质谱参数、搜库参数等具体实验条件,源站未提供。
【适用场景】
基于其蛋白质组学属性与糖尿病分类归属,该数据集可用于与糖尿病相关的血清蛋白质组学研究场景,例如对去 depleted 血清样本中蛋白进行 iTRAQ 定量分析的方法学参考,或作为 8 重 iTRAQ 结合 SCX 分级与 Orbitrap Velos 采集流程的数据实例。主题标签 Proteomics 表明其适用于蛋白质组学分析。关于该数据集在具体疾病标志物发现、验证或临床转化中的用途,源站未提供。
【使用方法】
数据文件为 ProteinPilot 组文件,使用时可借助 ProteinPilot 相关软件打开与处理这些分组文件,以查看对应 SCX 馏分的鉴定与定量结果。由于数据来自 8 重 iTRAQ 分析,使用中需按 iTRAQ 标记通道进行分组解读。关于具体的软件版本、参数设置、归一化与统计分析方法,源站未提供。
【质量与限制】
该数据集为去 depleted 血清样本的 8 重 iTRAQ 分析结果,样本经过 depletion 处理,血清中高丰度蛋白被去除,这一处理会影响可检测蛋白的范围。数据以 ProteinPilot 组文件形式提供,属于软件处理后的分组结果文件,而非原始质谱数据。关于数据质量评估指标、缺失值情况、重复性、定量准确性以及原始数据是否可获取等信息,源站未提供。
【引用与许可】
该数据集来源于 omicsdi.org。关于数据集的引用方式、作者信息、发表文献及许可条款,源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://omicsdi.org/dataset/massive/MSV000078756
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
D5_1和D5_2是对去 depleted 血清样本进行的8重iTRAQ分析。这些文件是收集的SCX馏分的ProteinPilot组文件,使用Orbitrap Velos-Proxeon毛细管LC组合进行分析。采用了HCD碎裂。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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