D17_LF 糖尿病血清蛋白质组学数据

该数据集来自 omicsdi.org,属于内分泌系统疾病/糖尿病分类,主题标签为 Proteomics。样本为去plet血清,采用 Orbitrap Velos 与 Proxeon 毛细管 LC 联用进行非标记(label-free)分析,使用 CID 碎裂,每个样本四重复并随机化

omicsdi
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蛋白质分类Proteomics
D17_LF

基本信息

模态
蛋白质
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-18

资源简介

D17_LF 糖尿病血清蛋白质组学数据

D17_LF 是一个以蛋白质组学为主题的数据集,归入内分泌系统疾病/糖尿病分类,来源于 omicsdi.org。该数据集围绕去plet血清样本展开,采用 Orbitrap Velos 与 Proxeon 毛细管液相色谱联用的技术路线进行非标记(label-free)分析,碎裂方式为 CID。样本包括 Case9TS 与 Control9TS,分别对应 D17 与 Control-17,并以访视编号进行标记。所有样本均以四重复方式分析,并在分析顺序上进行了随机化。该数据集可为糖尿病相关血清蛋白质组研究提供原始质谱数据基础,其英文名称为 D17_LF,主题标签为 Proteomics。

【数据集背景】

该数据集属于内分泌系统疾病/糖尿病分类,主题标签为 Proteomics,来源于 omicsdi.org。从样本命名与分组来看,Case9TS 与 Control9TS 分别代表 D17 与 Control-17 两组,并以访视编号加以区分,提示其设计涉及病例与对照之间的比较。数据集英文名称为 D17_LF,其中“LF”对应非标记(label-free)分析策略。关于该数据集所依托的具体研究项目、所属队列、伦理审批信息及研究目的等背景内容,源站未提供。

【数据内容】

数据集的核心内容为 Thermo RAW 格式的质谱原始文件,包括 Case9TS 与 Control9TS 两类样本文件,分别对应 D17 与 Control-17,并以访视编号进行标记。样本类型为去plet血清。分析采用非标记(label-free)策略,碎裂方式为 CID。每个样本以四重复方式进行分析,并在分析顺序上进行了随机化。除上述 RAW 文件与样本分组信息外,源站未提供关于鉴定蛋白数量、定量结果表、肽段谱图匹配数等衍生数据内容的说明。

【采集与来源】

数据采集使用 Orbitrap Velos 与 Proxeon 毛细管液相色谱(capillary LC)联用系统完成,属于非标记血清蛋白质组分析。样本为去plet血清,碎裂采用 CID。样本以四重复方式分析,并进行了随机化处理。数据来源站为 omicsdi.org。关于样本采集地点、采集时间、样本处理与去plet的具体流程、仪器参数设置等细节,源站未提供。

【适用场景】

基于其主题标签与分类,该数据集适用于蛋白质组学方向的非标记血清分析相关用途,可用于病例与对照(D17 与 Control-17)之间血清蛋白质组的比较研究,也可作为 Orbitrap Velos 与 Proxeon 毛细管 LC 联用、CID 碎裂条件下非标记分析的方法参考数据。关于该数据集在糖尿病生物标志物发现、通路分析或其他具体应用中的用途,源站未提供。

【使用方法】

使用时应以 Thermo RAW 文件为起点,结合样本命名中的分组信息(Case9TS 对应 D17,Control9TS 对应 Control-17)与访视编号进行样本归类,并考虑每个样本四重复及随机化的设计特点。关于具体的搜库软件、数据库版本、定量与统计分析方法、参数设置等,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集采用四重复分析并随机化,有助于控制分析顺序带来的偏差;样本为去plet血清,采用 CID 碎裂与非标记策略。关于数据质量评估指标、缺失值情况、批间差异、样本量及可能的混杂因素等,源站未提供。使用者在解释结果时需注意上述信息缺口。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式、原始文献、作者信息及许可条款,源站未提供。

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源站:https://omicsdi.org/dataset/massive/MSV000078763

标准获取流程:

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  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
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    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Thermo RAW文件Case9TS和Control9TS(分别代表病例组和对照组)对应D17和Control-17,并以访视编号标记。这些是无标记分析,使用Orbitrap Velos - Proxeon毛细管LC组合对去pletED血清样本进行。采用了CID碎裂方式。样本按四重复进行分析,并进行了随机化处理。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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