糖尿病肾病中铁死亡-线粒体自噬基因协同分析代码与处理数据

数据集获取

源站：https://doi.org/10.57760/sciencedb.016ye

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该数据集包含手稿《铁死亡-线粒体自噬基因协同是糖尿病肾病进展的保守转录模块：一项整合的跨物种生物信息学分析》的全部可复现材料。包括：(1) 分析代码（Python 3）：用于发现队列差异表达与通路活性评分的脚本、线粒体自噬相关铁死亡基因（MCFG）模块的识别、类ssGSEA评分及7基因核心特征集的构建、留出外部验证判别分析（ROC/AUC）、手稿全部六张图（FigE1-FigE6）的图件生成、MSigDB GOBP_MITOPHAGY基因集的检索，以及基于KEGG直系同源的人类至小鼠基因映射；以及(2) 处理后的中间文件：基因集与样本分组文件、各样本通路活性评分、67基因MCFG模块、7基因核心特征集、主要统计量与ROC输出、g:Profiler富集结果、STRING蛋白-蛋白相互作用网络、人类差异表达结果，以及两个外部验证队列的输出结果。

所有原始表达矩阵均取自基因表达综合数据库（GSE142025、GSE139317、GSE178939、GSE273763、GSE294519），未在此处重新分发；本存储库仅包含分析代码和去标识化的处理后数据，足以重现稿件中的每一项数值结果和图表。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。