PRJNA1537623:辐射幸存者外显子组测序

数据以 Exome 为主题标签,属于环境因素所致疾病相关类别。BioProject 记录用于汇集同一项目产生的多种数据类型并提供访问入口,因此该数据集可用于查找与辐射幸存者外显子组测序相关的生物数据

sra
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基因组Exome
PRJNA1537623: Exome sequencing of Radiation Survivors

基本信息

模态
基因组
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

PRJNA1537623:辐射幸存者外显子组测序

PRJNA1537623 是一个以“Exome sequencing of Radiation Survivors”为英文名称的生物项目数据集,源站标题标注为“Macaca mulatta (ID 1537623) - BioProject - NCBI”,来自 ncbi.nlm.nih.gov。该数据集在本站被归类为“环境因素所致疾病 / 其他”,主题标签为“Exome”。从整体定位看,它属于 NCBI BioProject 体系下的一个项目记录,用于汇集与辐射幸存者外显子组测序相关的生物数据,并为用户提供查找同一项目所产生多种数据类型的统一入口。由于主题标签明确指向外显子组测序,且物种信息指向猕猴(Macaca mulatta),该数据集在环境因素所致疾病这一大类下,具有连接辐射暴露背景与外显子组层面生物数据检索的用途。

【数据集背景】

该数据集的源站标题为“Macaca mulatta (ID 1537623) - BioProject - NCBI”,英文名称为“PRJNA1537623: Exome sequencing of Radiation Survivors”。BioProject 是 NCBI 提供的一种项目记录形式,用于汇集与单一研究计划相关的生物数据,这些数据可以来自单一组织,也可以来自一个联合体。BioProject 记录的核心作用,是为用户提供一个统一的位置,以便查找该项目所产生的多种数据类型。因此,该数据集并非单一类型的原始数据文件,而是一个项目级别的入口记录,其背景与“辐射幸存者”的外显子组测序相关,并涉及猕猴这一物种。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Exome”,英文名称中包含“Exome sequencing of Radiation Survivors”,说明其数据内容与外显子组测序相关。作为 BioProject 记录,它用于汇集同一项目产生的多种数据类型,并提供访问入口。源站未提供具体的样本数量、测序深度、覆盖度、变异数量、数据文件格式或数据量等细节。除“Exome”这一主题标签以及项目名称所反映的辐射幸存者外显子组测序方向外,源站未提供更细化的数据内容描述。

【采集与来源】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov,源站标题显示其与“Macaca mulatta (ID 1537623)”相关。BioProject 记录本身可以来自单一组织或联合体,但该项目的具体组织来源、采集地点、采集时间、样本处理方式、测序平台及建库方法等信息,源站未提供。该数据集在本站被归类为“环境因素所致疾病 / 其他”,这一分类反映了其与辐射等环境因素所致疾病方向的关联,但具体的采集与来源细节仍需以源站记录为准。

【适用场景】

该数据集适用于查找与辐射幸存者外显子组测序相关的生物数据。由于 BioProject 记录提供统一入口,用户可以通过该记录定位同一项目下产生的多种数据类型。其主题标签“Exome”表明,该数据集可用于与外显子组测序相关的数据检索和项目级浏览。同时,该数据集在本站归类于“环境因素所致疾病 / 其他”,因此也可用于环境因素所致疾病这一大类下的数据发现。源站未提供该数据集在具体研究分析、临床解读或比较基因组学中的明确适用场景。

【使用方法】

该数据集以 BioProject 记录的形式提供访问入口,用户可通过 NCBI BioProject 体系查找与该项目相关的多种数据类型。源站描述指出,BioProject 记录为用户提供一个单一位置,以查找为该项目生成的多样数据类型。因此,使用方法应围绕项目记录入口进行检索和链接跳转。源站未提供具体的下载方式、API 接口、数据格式说明或分析流程。

【质量与限制】

该数据集为 BioProject 项目记录,其质量与限制取决于源站所汇集的底层数据。源站未提供关于数据完整性、准确性、覆盖度、样本代表性或技术偏倚的具体信息。由于该记录主要用于汇集和链接多种数据类型,而非直接提供经过统一质控的单一数据集,用户在使用时需注意其项目入口性质。源站未提供具体的质量评估指标或限制说明。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用方式与许可信息。用户如需引用或使用该数据集,应参考 NCBI BioProject 源站记录中的相关说明。源站未提供具体的许可条款、使用限制或引用格式。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1537623

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本子项目应用猕猴特异性全外显子组测序技术,对来自维克森林非人灵长类辐射晚期效应队列的存档及前瞻性收集的样本进行分析。测序工作由贝勒医学院人类基因组测序中心(BCM-HGSC)完成,旨在表征与个体对电离辐射长期效应易感性相关的基因组变异。由此产生的数据集将支持辐射响应、生物剂量测定以及辐射相关晚期效应的遗传决定因素研究,同时为与人类辐射暴露相关的比较和转化研究提供资源。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

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