早期生命铅暴露导致干血斑DNA甲基化谱性别特异性变化

该数据集来自ebi.ac.uk,研究性别与铅(Pb)暴露对全血DNA甲基化的影响,样本为底特律队列中3个月至5岁儿童的干血斑

biostudies
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基因组分类methylation profiling by arrayHomo sapiens
Early life Lead exposure causes distinct gender specific changes in the DNA methylation profile of DNA extracted from dried blood spots

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-17

资源简介

早期生命铅暴露导致干血斑DNA甲基化谱性别特异性变化

该数据集聚焦于生命早期铅暴露对儿童全血DNA甲基化谱的影响,并特别关注性别差异这一维度。研究依托底特律队列,纳入年龄在3个月至5岁之间的儿童,以干血斑作为DNA提取与甲基化检测的生物样本来源。数据集采用甲基化芯片技术对干血斑样本进行全基因组甲基化谱分析,属于差异甲基化研究。整体而言,该数据集将环境暴露因素(铅)、宿主生物学特征(性别)与表观遗传修饰(DNA甲基化)三者结合,为探讨生命早期环境暴露如何通过表观遗传机制产生性别特异性的健康效应提供了数据基础,其分类归属于环境因素所致疾病相关方向。

【数据集背景】

生命早期阶段是生长发育的关键窗口期,环境中有害物质的暴露可能对机体产生持久影响。铅作为一种广泛存在的环境污染物,其对儿童健康的影响长期受到关注。该数据集的研究背景即围绕性别与铅暴露两个因素如何共同影响全血DNA甲基化展开。研究以底特律队列的儿童为对象,覆盖3个月至5岁这一生命早期年龄段,试图从表观遗传层面刻画铅暴露相关的变化,并考察这些变化是否因性别不同而呈现差异。这一设计使得数据集不仅涉及环境暴露与表观遗传的关联,还纳入了性别作为关键的分层变量。

【数据内容】

数据集的核心内容是干血斑样本的DNA甲基化谱数据。检测对象为从干血斑中提取的DNA,检测层面为全血DNA甲基化。研究类型为差异甲基化研究,即通过比较不同暴露状态或不同性别分组之间的甲基化水平,识别存在差异的甲基化位点或区域。主题标签显示该数据属于甲基化芯片分析,物种为人(Homo sapiens)。数据所反映的是底特律队列儿童在3个月至5岁年龄段的全血甲基化特征,并围绕性别与铅暴露的影响进行组织与分析。

【采集与来源】

数据来源于ebi.ac.uk。样本采集自底特律队列中年龄介于3个月至5岁的儿童,生物样本类型为干血斑,DNA即从这些干血斑中提取。该数据集所依托的研究考察性别与铅暴露对全血DNA甲基化的影响,甲基化检测在干血斑样本上完成。关于队列招募的具体方式、样本量、采集时间跨度、伦理审批信息等,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于环境暴露与表观遗传学交叉方向的研究场景,尤其是探讨生命早期铅暴露对DNA甲基化影响的分析。由于研究设计包含性别因素,可用于性别特异性甲基化差异的探索与验证。干血斑作为样本来源,使该数据在婴幼儿及儿童人群的表观遗传研究中具有参考价值。此外,该数据可用于差异甲基化分析方法的比较、候选甲基化标志物的初步筛选,以及与其他环境暴露队列甲基化数据的对照研究。关于具体分析流程与统计方法,源站未提供。

【使用方法】

该数据集为甲基化芯片数据,使用时应按照芯片平台对应的数据处理流程进行预处理、归一化与差异甲基化分析,并结合性别与铅暴露信息进行分组比较。由于样本来自干血斑,分析时需考虑该样本类型的固有特点。关于数据文件格式、原始数据与处理后数据的组织方式、配套元数据字段、分析代码或流程等,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集基于底特律队列的儿童干血斑样本,年龄范围为3个月至5岁,样本来源与检测材料具有明确界定。作为差异甲基化研究,其结果依赖于分组设计与统计方法。关于样本量大小、数据完整性、批次效应控制、质控指标、重复性验证以及结果的独立验证情况,源站未提供。使用者在解释性别特异性差异时,应结合研究设计与潜在混杂因素谨慎判断。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式、文献出处、数据使用许可与访问限制,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ebi.ac.uk/biostudies/studies/E-GEOD-60598

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

在底特律一个3个月至5岁儿童队列的干血斑中测定;底特律一个3个月至5岁儿童队列干血斑的DNA甲基化谱分析;差异甲基化研究;P-GSE60598-1标准化数据转换方案

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