定量（磷酸化）蛋白质组学与质谱成像揭示人肠缺血再灌注的时空蛋白质变化
研究结合定量（磷酸化）蛋白质组学与质谱成像，分析人肠道在缺血和再灌注过程中的动态蛋白质组与磷酸化蛋白质组，获取数千种蛋白质及磷酸化位点的定量信息与空间信息，揭示肠道吸收、微绒毛和细胞连接相关蛋白丰度下降，而先天免疫（尤其补体级联）和细胞外基质组织相关蛋白丰度上升，差异磷酸化蛋白涉及 RNA 剪接等过
基本信息
资源简介
定量（磷酸化）蛋白质组学与质谱成像揭示人肠缺血再灌注的时空蛋白质变化
Combined Quantitative
(Phospho)proteomics and Mass
Spectrometry Imaging Reveal Temporal and Spatial Protein Changes in
Human Intestinal Ischemia–Reperfusion
该数据集来自 figshare，包含 1 个 Excel 文件，对应 2021 年发表于 Journal of Proteome Research 的研究。研究结合定量（磷酸化）蛋白质组学与质谱成像，分析人肠道在缺血和再灌注过程中的动态蛋白质组与磷酸化蛋白质组，获取数千种蛋白质及磷酸化位点的定量信息与空间信息，揭示肠道吸收、微绒毛和细胞连接相关蛋白丰度下降，而先天免疫（尤其补体级联）和细胞外基质组织相关蛋白丰度上升，差异磷酸化蛋白涉及 RNA 剪接等过程。数据可用于研究肠缺血再灌注损伤的时空分子机制（来源 figshare，CC BY-NC 4.0 许可）。
【数据集背景】
配套论文《Combined Quantitative (Phospho)proteomics and Mass Spectrometry Imaging Reveal Temporal and Spatial Protein Changes in Human Intestinal Ischemia–Reperfusion》发表于 Journal of Proteome Research（2021），DOI：10.1021/acs.jproteome.1c00447。源站首次发布：2021-12-09。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：肠缺血再灌注（IR）损伤是一种严重的临床病症，阐明其病理生理学对于改进治疗策略、降低高发病率和高死亡率至关重要。在本研究中，我们利用液相色谱-串联质谱（LC-MS/MS）分析获取数千种蛋白质和磷酸化位点的定量信息，并利用质谱成像（MSI）获取空间信息，研究了人肠道在缺血和再灌注过程中的动态蛋白质组和磷酸化蛋白质组。我们发现，与肠道吸收、微绒毛和细胞连接相关的蛋白质丰度显著降低，而参与先天免疫（特别是补体级联）和细胞外基质组织的蛋白质在 IR 后丰度增加。差异磷酸化蛋白质涉及 RNA 剪接
【数据结构与技术规格】
文件数 1 个，合计 231.82 KB。数据集 DOI：10.1021/acs.jproteome.1c00447.s002。
【主题与分类】
源站学科分类：Biophysics、Biochemistry、Medicine、Cell Biology、Physiology、Chemical Sciences not elsewhere classified。主题标签：using liquid chromatography、tandem mass spectrometry、severe clinical condition、obtain spatial information、mass spectrometry imaging、improve therapeutic strategies、spatial protein changes、gain quantitative information、activated protein kinase、differentially phosphorylated proteins。本站分类：消化系统疾病/肠缺血。
【适用方向】
源站学科分类标注为 Biophysics、Biochemistry、Medicine、Cell Biology、Physiology、Chemical Sciences not elsewhere classified。
【获取与许可】
源站页面：https://acs.figshare.com/articles/dataset/Combined_Quantitative_Phospho_proteomics_and_Mass_Spectrometry_Imaging_Reveal_Temporal_and_Spatial_Protein_Changes_in_Human_Intestinal_Ischemia_Reperfusion/17136207
使用许可：CC BY-NC 4.0（https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/）。
规范引用：Kip, Anna M.; Valverde, Juan Manuel; Altelaar, Maarten; Heeren, Ron M. A.; Hundscheid, Inca H. R.; Dejong, Cornelis H. C.; et al. (2021). Combined Quantitative (Phospho)proteomics and Mass Spectrometry Imaging Reveal Temporal and Spatial Protein Changes in Human Intestinal Ischemia–Reperfusion. ACS…
【使用注意】
· 源站最后修改于 2023-06-05，引用时请注意版本时效。
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使用方式
数据集获取（Figshare）
- 源站标题：Combined Quantitative
(Phospho)proteomics and Mass
Spectrometry Imaging Reveal Temporal and Spatial Protein Changes in
Human Intestinal Ischemia–Reperfusion - DOI：10.1021/acs.jproteome.1c00447.s002
- 发布日期：2021-12-09
- 文件数：1 个
- 文件总体积：231.82 KB
- 源站页面：https://acs.figshare.com/articles/dataset/Combined_Quantitative_Phospho_proteomics_and_Mass_Spectrometry_Imaging_Reveal_Temporal_and_Spatial_Protein_Changes_in_Human_Intestinal_Ischemia_Reperfusion/17136207
命令行下载
curl -L -o "pr1c00447_si_002.xlsx" "https://ndownloader.figshare.com/files/31689327"
文件清单
pr1c00447_si_002.xlsx（231.82 KB）
文件总体积 231.82 KB（源站 API 实测）。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
数据说明
肠道缺血-再灌注（IR）损伤是一种严重的临床病症，阐明其病理生理机制对于改进治疗策略、降低高发病率和高死亡率至关重要。本研究采用液相色谱-串联质谱（LC-MS/MS）分析，获取了数千种蛋白质和磷酸化位点的定量信息，并利用质谱成像（MSI）获取空间信息，从而研究了人肠道在缺血和再灌注过程中的动态蛋白质组和磷酸化蛋白质组。我们发现，与肠道吸收、微绒毛和细胞连接相关的蛋白质丰度显著下降，而参与先天免疫（尤其是补体级联）和细胞外基质组织的蛋白质在IR后丰度增加。差异磷酸化蛋白质参与RNA剪接事件以及细胞骨架和细胞连接的组织。此外，我们的分析表明丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）和细胞周期蛋白依赖性激酶（CDK）家族是IR期间的活跃激酶。
最后，基质辅助激光解吸电离飞行时间（MALDI-TOF）质谱成像（MSI）揭示了肽在丰度和分布上的变化，结合傅里叶变换离子回旋共振（FTICR）质谱成像和液相色谱-串联质谱（LC-MS/MS），得以注释出与RNA剪接、补体级联反应及细胞外基质组织相关的蛋白质。本研究拓展了我们对人肠道缺血再灌注（IR）过程中所发生分子变化的理解，并凸显了不同质谱方法互补使用的价值。
许可
CC BY-NC 4.0
引用
学术使用请引用 DOI 10.1021/acs.jproteome.1c00447.s002（source: https://acs.figshare.com/articles/dataset/Combined_Quantitative_Phospho_proteomics_and_Mass_Spectrometry_Imaging_Reveal_Temporal_and_Spatial_Protein_Changes_in_Human_Intestinal_Ischemia_Reperfusion/17136207）。
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