Genentech IBD 粪便蛋白质组数据集
该数据集来自 omicsdi.org,提供健康对照(HC)、溃疡性结肠炎(UC)和克罗恩病(CD)人群的粪便蛋白质组比较数据

基本信息
资源简介
Genentech IBD 粪便蛋白质组数据集
Genentech IBD Fecal Proteomics 是一个聚焦炎症性肠病(IBD)的粪便蛋白质组数据集,归属于消化系统疾病分类下的炎症性肠病方向,数据经 omicsdi.org 收录发布。该数据集的核心内容是比较健康对照(HC)、溃疡性结肠炎(UC)与克罗恩病(CD)三类人群粪便样本的蛋白质组,覆盖两个相互独立的队列:队列 1 中 HC、UC、CD 每组各 5 例样本;队列 2 中 HC 为 20 例样本,UC 与 CD 各 10 例样本。数据集以 Proteomics 作为主题标签,整体定位是为炎症性肠病相关的粪便蛋白质组研究提供可供比较与复用的数据资源,其短描述亦概括为提供健康对照、溃疡性结肠炎和克罗恩病人群的粪便蛋白质组比较数据。
【数据集背景】
炎症性肠病是一类以肠道慢性炎症为特征的疾病,主要包括溃疡性结肠炎与克罗恩病。粪便作为与肠道直接接触的样本类型,含有来自肠道黏膜、微生物及宿主分泌的蛋白质成分,因而常被用于探索肠道局部生理与病理状态。该数据集正是在这一背景下,对健康对照、溃疡性结肠炎和克罗恩病三类人群的粪便蛋白质组进行比较,试图从蛋白质层面呈现三组人群之间的差异与特征。数据集英文名称为 Genentech IBD Fecal Proteomics,本站分类归入消化系统疾病 / 炎症性肠病,主题标签为 Proteomics,来源站为 omicsdi.org。
【数据内容】
数据集的内容为健康对照(HC)、溃疡性结肠炎(UC)和克罗恩病(CD)人群的粪便蛋白质组比较数据。数据按两个队列组织:队列 1 包含 HC、UC、CD 每组各 5 例样本;队列 2 包含 HC 20 例样本,UC 与 CD 各 10 例样本。两个队列合计覆盖了三类人群的粪便样本,且队列 2 在样本数量上明显大于队列 1,其中健康对照的样本量相对更多。除上述样本分组与数量信息外,源站未提供关于蛋白质鉴定数量、定量方法、具体蛋白质条目或分析结果的进一步说明。
【采集与来源】
该数据集来源于 omicsdi.org,并在本站按消化系统疾病 / 炎症性肠病进行分类收录。源站描述表明其数据为来自健康对照、溃疡性结肠炎和克罗恩病 stool(粪便)样本的蛋白质组比较。关于样本采集地点、采集时间、受试者招募标准、样本处理流程与仪器平台等信息,源站未提供。
【适用场景】
基于其分组设计,该数据集适用于健康对照与溃疡性结肠炎、克罗恩病之间的粪便蛋白质组比较研究,可用于探索三类人群在粪便蛋白质层面的差异;两个队列的设置也为在不同样本规模下观察分组特征提供了条件。此外,该数据集可作为炎症性肠病粪便蛋白质组相关分析、方法验证或结果对照的参考数据。关于其在具体疾病机制研究、生物标志物筛选或临床诊断中的适用性,源站未提供明确说明。
【使用方法】
源站未提供该数据集的具体使用方式,包括数据下载途径、文件格式、检索与查询接口、分析流程或配套工具等信息。
【质量与限制】
该数据集两个队列的样本量存在差异:队列 1 每组仅 5 例,队列 2 中 HC 为 20 例、UC 与 CD 各 10 例,各组样本数量并不均衡。关于数据质量评估、缺失值情况、批次效应、技术重复以及其它可能影响结果解释的因素,源站未提供。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用方式与许可信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://omicsdi.org/dataset/massive/MSV000089237
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
健康对照(HC)、溃疡性结肠炎(UC)和克罗恩病(CD)粪便样本的人粪便蛋白质组比较。两个队列:队列1每组(HC、UC、CD)各有N=5份样本,队列2中HC有N=20份样本,UC和CD各有N=10份样本。
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