传染病传播机制实证接触网络复现数据

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3A762f832ad37a68e8fe5dc2f4518be3a5e6b3917f7eb34c69cd5f968d55d4d432

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究使用的两个实证数据集的边列表和感染时间序列文件。第一个数据集由蜜蜂蜂群（5-7个个体）的动态网络组成，其中边表示通过基于颜色的视频跟踪软件记录的直接物理接触。通过每日筛查个体粪便来追踪Crithidia bombi在蜂群中的感染进展，感染时间则依据C. bombi在其宿主肠道内复制速率的知识来确定。除引用该数据集和文章外，还请引用描述该数据的原始出版物：Otterstatter, Michael C., and James D. Thomson. “Contact networks and transmission of an intestinal pathogen in bumble bee (Bombus impatiens) colonies.” Oecologia 154.2 (2007): 411-421. 第二个数据集监测共生细菌Salmonella enterica在澳大利亚睡蜥Tiliqua rugosa的两个独立野生种群中的传播。

这两个地点分别有43只和44只个体，代表了两个地点绝大多数所有常驻个体（即研究期间未遇到其他个体）。个体佩戴了GPS记录器，其位置在70天内每10分钟记录一次。每14天通过泄殖腔拭子对每只动物进行一次沙门氏菌感染监测。因此，该系统中的疾病数据无法确定每个个体感染的起始时间。边列表文件的列标题：请注意，边列表中的边是无向的（即边没有关联方向）。node1：参与互动的第一个个体的ID；node2：参与互动的第二个个体的ID；timestep：互动的时间步（以天为单位）；weight_freq：该时间步内个体间互动的频率；weight_dur：个体间互动的持续时间（原文在此处中断）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。