复发性胆总管结石患者微生物组数据集
该数据集来源于clinicaltrials.gov，聚焦复发性胆总管结石患者的胆道微生物组。研究连续招募胆管结石患者，术中采集胆汁，采用16S核糖体RNA基因焦磷酸测序刻画胆汁及其他体液中的微生物群，并利用液相色谱-质谱方法分析胆汁成分
基本信息
资源简介
复发性胆总管结石患者微生物组数据集
该数据集英文名为 Microbiomes in Patients of Recurrent Common Bile Duct Stones，来源于 clinicaltrials.gov，在分类上归属于消化系统疾病 / 其他。其关注的核心问题是复发性胆总管结石患者的胆道微生物组。胆管结石属于常见的胆道疾病，具有发病率高、易反复发作的特点。研究围绕胆管结石患者连续招募受试者，在术中采集胆汁样本，通过高通量实验手段刻画胆汁及其他体液中的微生物群，并结合胆汁成分分析，试图从微生态与代谢组成两个层面理解结石复发相关因素。数据集的主题标签为 Cholelithiasis 与 Choledocholithiasis，即胆石症与胆总管结石，整体定位偏向胆道疾病与微生物组交叉方向的研究数据。
【数据集背景】
胆管结石是常见的胆道系统疾病，其突出特征是患病率高且容易复发。内镜逆行胰胆管造影术（ERCP）是治疗胆总管结石的有效手段，而内镜乳头括约肌切开术（EST）常在插管困难或取石困难时实施。EST 与胆管结石复发相关，其原因可能在于肠道内容物反流增强，从而改变了局部微环境。正是在这一临床背景下，该数据集聚焦复发性胆总管结石患者，尝试通过胆汁微生物组与胆汁成分的联合刻画，为理解结石复发机制提供数据基础。
【数据内容】
该数据集的内容主要包括两类实验数据。其一是微生物组数据：对胆汁及其他体液进行 16S 核糖体 RNA 基因焦磷酸测序，用以刻画其中的微生物群组成。其二是胆汁成分数据：采用基于液相色谱-质谱的方法对胆汁组成进行谱图分析。此外，源站描述还提及临床表现在内的信息，但具体字段与完整范围源站未提供。主题标签为 Cholelithiasis 和 Choledocholithiasis，说明数据与胆石症、胆总管结石直接相关。
【采集与来源】
数据来源站为 clinicaltrials.gov。研究对象为胆管结石患者，采用连续招募的方式纳入。样本采集发生在术中，采集的样本为胆汁，用于后续高通量实验。微生物组分析针对胆汁及其他体液开展，采用 16S 核糖体 RNA 基因焦磷酸测序；胆汁成分分析则采用液相色谱-质谱方法。关于招募地点、样本量、采集时间跨度、受试者纳入与排除标准等具体信息，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于胆道疾病与微生物组相关的研究场景，例如探讨复发性胆总管结石患者胆汁微生物群特征、比较胆汁微生物组成与胆汁成分谱之间的关系，以及围绕 ERCP、EST 术后结石复发机制开展探索性分析。由于数据同时涉及微生物组与胆汁代谢/成分信息，也可用于多组学整合分析的早期方法学研究。需要说明的是，具体适用场景的边界与验证结论应以源站信息为准，源站未提供更细化的应用说明。
【使用方法】
在方法层面，该数据集对应的实验流程包括术中采集胆汁、对胆汁及其他体液进行 16S 核糖体 RNA 基因焦磷酸测序以刻画微生物群，以及采用液相色谱-质谱方法分析胆汁成分。使用者在开展分析时，可围绕微生物群组成与胆汁成分谱两个维度进行关联研究。关于数据的具体格式、访问方式、下载途径、预处理步骤与分析工具，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集基于连续招募的胆管结石患者，样本采集于术中，实验手段包括焦磷酸测序与液相色谱-质谱，具备一定的临床与实验基础。但关于样本量、对照设置、随访时长、复发判定标准、数据完整性以及潜在偏倚等信息，源站未提供，因此无法对数据质量与局限性作出进一步判断。
【引用与许可】
该数据集的来源站为 clinicaltrials.gov。关于引用格式、许可条款、使用限制与数据共享政策，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://clinicaltrials.gov/study/NCT03102281
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
疾病：胆石症、胆总管结石。胆管结石是一种常见的胆道疾病，其特点是发病率高且易复发。内镜逆行胰胆管造影（ERCP）是治疗胆总管结石的有效方法，而内镜括约肌切开术（EST）常因插管困难或取石困难而实施，与胆管结石复发相关，可能原因是肠道内容物反流增强，改变了微环境。连续招募胆管结石患者，并在手术中收集其胆汁进行高通量实验。采用16S核糖体RNA基因焦磷酸测序技术，以表征胆汁及其他体液中的微生物群。采用基于液相色谱-质谱的方法分析胆汁成分。比较有无胆管结石复发患者的临床表现、微生物组和胆汁成分。本研究旨在明确微生物组对ERCP+EST治疗后胆管结石复发的影响。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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