单细胞质谱成像与免疫荧光显微镜联用的人免疫细胞多模态表征

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5281/zenodo.19047080

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 22.89 GB。

数据说明

本记录包含与以下出版物相关的数据：Integrated Single-Cell Mass Spectrometry Imaging and Immunofluorescence Microscopy for Multimodal Characterization of Human Immune Cells（https://doi.org/10.1021/acs.analchem.6c00381）。在本研究中，我们开发了一种工作流程，将免疫细胞化学与单细胞MALDI-2质谱成像（MSI）相结合，以实现对人类免疫细胞的多模态表征。该工作流程被应用于研究从肝硬化患者和健康对照供者中分离的中性粒细胞。

本记录包含以下 .zip 文件：zip 文件描述 single_cell_data.zip 包含单细胞数据的 .csv 格式 .zip 文件 ms_run_1.zip 包含实验1中混合对照组和肝硬化细胞的原始 timsTOF fleX 质谱数据的 .zip 文件 ms_run_2.zip 包含实验2中混合对照组和肝硬化细胞的原始 timsTOF fleX 质谱数据的 .zip 文件 ms_run_3.zip 包含实验3中混合对照组和肝硬化细胞的原始 timsTOF fleX 质谱数据的 .zip 文件 icc_run_1.zip 包含实验1的免疫细胞化学图像（.tif 格式）的 .zip 文件 icc_run_2.zip 包含实验2的免疫细胞化学图像（.tif 格式）的 .zip 文件 icc_run_3.zip 包含实验3的免疫细胞化学图像（.tif 格式）的 .zip 文件 MSMS.zip 包含所有 MS/MS 谱图（.mgf 格式）的 .zip 文件 bessler_et_al_lipid_annotation 包含用于脂质注释的中性粒细胞原始 timsTOF fleX 质谱数据的 .zip 文件 单细胞数据使用 FISCAS（https://doi.org/10.1021/jasms.4c00279，https://github.com/BioMedMS/FISCAS）生成。后续数据处理和分析按如下所述进行

单细胞数据集的组织方式是每一行代表一个单独的细胞。列则对应于质谱成像检测到的m/z特征或t

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。