基本信息

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创建/更新时间

2026-11-08

资源简介

FXR与BET信号协同保护胰岛β细胞研究数据集

GSE339552 数据集来自 NCBI GEO 公共数据库，围绕法尼醇X受体（FXR）激活与溴结构域及超末端结构域（BET）抑制在2型糖尿病胰岛中的保护作用展开转录机制研究。该数据集对糖尿病 db/db 小鼠分离的胰岛在药物调控 FXR 与 BET 信号后进行 bulk RNA 测序，提供全基因组基因表达谱，用于刻画两种信号通路协同发挥保护效应时相关的基因表达变化。数据集以单个压缩的系列矩阵文件形式提供，属于高通量测序表达谱数据，适合关注胰岛功能、糖尿病转录调控及药物干预机制的研究者参考使用。

【数据集背景】

该数据集的研究主题是 FXR 与 BET 信号在保护胰岛 β 细胞中的协同作用。源站描述指出，研究旨在探讨在2型糖尿病进程中，FXR 激活与 BET 抑制对胰腺胰岛产生保护效应背后的转录机制。实验以糖尿病 db/db 小鼠为对象，对其分离的胰岛进行 FXR 和 BET 信号的药理学调控，并通过 bulk RNA 测序获取转录组层面的响应信息。这一背景将数据集定位在糖尿病胰岛功能与核受体、表观遗传调控因子交叉作用的机制研究范畴内。

【数据内容】

数据集提供的是经药理调控后胰岛样本的全基因组基因表达谱，属于 expression profiling by high throughput sequencing 类型。数据以处理后的系列矩阵文件呈现，文件名为 GSE339552_series_matrix.txt.gz，文件数量为 1。主题标签中包含 GPL24247 平台标识与 10090 物种标识，对应小鼠来源。数据集整体聚焦于 FXR 激活与 BET 抑制联合作用下与胰岛功能保护相关的基因表达特征，而非原始测序读段。

【采集与来源】

数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov，作者为 Yoshihara，Eiji，发布时间为 Jul 22 202。样本材料为糖尿病 db/db 小鼠分离的胰岛，采集方式为在药物调控 FXR 与 BET 信号后进行 bulk RNA 测序。本站将其归类为消化系统疾病 / 其他。除上述信息外，样本数量、测序深度、具体药物与剂量等细节源站未提供。

【适用场景】

该数据集可用于考察 FXR 激活与 BET 抑制在糖尿病胰岛中的转录组响应，支持差异表达分析、通路层面比较以及两种干预协同效应的探索性研究。由于提供的是全基因组表达谱，也适合作为糖尿病胰岛相关转录调控研究的参考数据，或用于与其它胰岛表达谱数据集的对照分析。具体分析设计需结合实验分组信息，而分组细节源站未提供。

【使用方法】

使用时可先下载 GSE339552_series_matrix.txt.gz 文件，按 GZIP 压缩包格式读取。建议先在小样本上核对字段与编码，确认无误后再批量接入分析流程。由于文件为系列矩阵形式，读取后应检查样本列与基因行之间的对应关系，并结合平台注释信息进行基因标识映射。

【质量与限制】

数据集仅包含 1 个处理后矩阵文件，未提供原始测序数据，因而无法从原始读段层面评估测序质量。样本量、重复数、批次信息及归一化方法等源站未提供，使用时应谨慎对待统计推断的稳健性。此外，数据仅涉及 db/db 小鼠模型，向其他物种或人群的外推需额外验证。

【引用与许可】

使用该数据集时应引用源站标题“FXR and BET signaling orchestrate to protect beta cells [dbdb]”及作者 Yoshihara，Eiji，并注明数据来自 NCBI GEO。具体许可条款与使用限制源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE339552

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE339552

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究探讨了在2型糖尿病期间，法尼醇X受体（FXR）激活与溴结构域和超末端结构域（BET）抑制对胰岛保护作用的转录机制。对经FXR和BET信号通路药物调控后的糖尿病db/db小鼠分离的胰岛进行了批量RNA测序。处理后的数据集提供了与FXR激活和BET抑制对胰岛功能协同保护作用相关的全基因组基因表达谱。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别