肠道微生物B. thetaiotaomicron PUL突变体在不同碳源下的编码转录组

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE339065

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

革兰氏阴性专性厌氧菌多形拟杆菌（Bacteroides thetaiotaomicron）正逐渐成为肠道微生物组研究的模式生物。其在人结肠内宿主生态位的定植在很大程度上依赖于拟杆菌基因组所编码的广泛代谢能力，但关于其转录组如何响应肠道中可能存在的多种碳源的可利用性，目前知之甚少。本研究对野生型多形拟杆菌及PUL调控因子突变体（∆BT_3091和∆BT_1754）进行了常规RNA-seq。细菌在补充葡萄糖/果聚糖/葡聚糖作为唯一碳源的最小培养基中孵育。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。