围手术期使用地塞米松糖皮质激素是手术活检转录组分析的主要混杂因素

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE320593

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数据说明

大量肝活检标本来源于手术或手术切除，这些操作在全身麻醉下进行，而糖皮质激素（常为地塞米松，DEX）常被常规用于预防术后恶心呕吐（PONV）并于围手术期给药。DEX是广泛表达的糖皮质激素受体（GR）的强效激动剂，给药后0.5–2小时内即可快速调控数百个代谢及炎症相关基因的转录。因此，术中肝活检时DEX给药的时间与剂量可能深刻影响多种细胞类型的基因表达，从而可能在转录组分析中引入显著偏倚，掩盖或增强潜在的生物学效应。为探究不同活检操作（如术前与术中）如何影响转录组，我们对有MASLD风险并接受减重手术的供者配对的肝活检标本进行了RNA测序。这包括术前经皮基线活检和减重手术中获取的术中腹腔镜活检。

为专门检测DEX对手术活检的影响，供者在麻醉诱导期间或活检采集后接受了DEX给药。总体而言，我们的结果表明DEX对手术肝脏和脂肪活检的基因表达分析有明确影响。以抗炎基因的表达和肝纤维化的相关性分析为例，我们显示这可能混淆转录组分析，并掩盖基因表达与生物标志物之间的相关性。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。