肝细胞生物钟调控胆固醇代谢与MASH保护研究RNAseq棕榈酸沉默数据

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE304692

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

昼夜节律钟使生理过程与24小时光暗周期同步。节律紊乱会促进代谢性疾病的发生，包括代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）。本研究利用肝细胞特异性Bmal1缺失（Hep-Bmal1KO）小鼠，探讨肝细胞节律钟在MASH中的作用。Hep-Bmal1KO小鼠表现出更快的MASH进展，伴有肝脏胆固醇升高、炎症和纤维化。转录组学和脂质组学分析显示，Hep-Bmal1KO小鼠胆固醇代谢失调，表现为关键胆固醇相关基因表达降低及节律性紊乱。生物信息学分析确定Chrebp是这些转录变化的潜在协同调控因子。在棕榈酸暴露和基因沉默的体外模型中，我们发现Bmal1而非Chrebp调控胆固醇蓄积，表明Bmal1在肝脏胆固醇代谢中具有特异性作用。

将我们的研究发现转化到人类患者队列中，结果显示昼夜节律相位发生了显著偏移，尽管与单纯性脂肪变性相比，在更晚期肝病（即MASH）患者肝脏中，肝胆固醇水平并未受到明显影响。综上所述，我们的研究结果为理解肝细胞生物钟在MASH中的作用及其作为治疗靶点的潜力提供了路线图。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。