小鼠模型艰难梭菌感染促炎通路空间转录组研究数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE288150

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

艰难梭菌（C. difficile）是抗生素诱导性腹泻的常见病因，也是院内感染数量最多的病原体。目前仅推荐两种抗生素用于治疗艰难梭菌感染（CDI），这可能导致治疗效果不理想且复发可能性增加。本研究旨在利用空间转录组学分析，评估感染艰难梭菌后症状性与无症状性小鼠之间基因表达的差异。我们还旨在评估肠黏膜不同层次（浅层与深层）之间基因改变的空间特征，并识别关键通路。采用福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）肠道切片，利用NanoStringTM平台分析盲肠和结肠中的差异基因表达。包括Lcn2、Cxcl2和S100a8基因在内的IL-17通路在症状性小鼠中显著上调。IL-17信号通路通过NF-κB和MAPK通路激活下游信号传导。

在有症状和无症状小鼠的肠道中，浅层与深层黏膜之间的基因表达存在显著差异，凸显了肠道基因表达模式的层次特异性。肠道黏膜的基因表达模式解释了CDI小鼠的若干临床体征和病变。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。