小鼠NASH肝脏细胞单细胞RNAseq分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE210501

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

在非酒精性脂肪性肝炎（NASH）的发展过程中，肝脏经历了从脂肪变性到严重脂质积累、炎症和纤维化的重大重构。这一转变的机制以及NASH发生前的分子变化尚未被完全理解。在此，我们对非酒精性脂肪性肝病发展过程中的13，240个小鼠肝细胞进行了单细胞RNA测序调查。通过在NASH发展早期阶段的小鼠中测量单细胞水平的全转录组，我们识别了已知的肝细胞群体、Kupffer细胞和星状细胞，以及肝细胞中明显的基因表达变化。我们还揭示了脂肪变性标志物中肝细胞的高度异质性，这投射出已知和新型脂肪变性相关基因的脂肪生成轨迹。重要的是，我们发现了以Srebp1c高表达或低表达为特征的独特肝细胞簇，具有独特的脂肪生成分子特征。这些结果确定了一条新的肝脏脂肪生成调控通路，该通路有助于NASH的进展。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。