长寿啮齿动物揭示寿命相关基因正选择信号的数据

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5061/dryad.75b406n

标准获取流程：

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数据集大小约 461.0 MB。

数据说明

寿命决定的遗传学机制尚不为人所充分理解。大多数研究都是在短寿命动物上进行的，而这些见解是否能推广到像人类这样的长寿命哺乳动物尚不清楚。一些非洲鼹鼠（滨鼠科）的预期寿命是体型相似且系统发育上密切相关的啮齿动物的数倍。为了获得对决定哺乳动物寿命的遗传机制的新见解，我们从17种啮齿动物中获取了基因组和转录组数据，并扫描了与寿命延长进化相关的十一个进化分支上的正选择基因（PSGs）。这250个已识别的PSGs在长寿裸鼹鼠和短寿命大鼠的肝脏中显示出符合衰老拮抗多效性理论的表达模式，表明其与衰老相关。此外，我们发现这些PSGs富集了已知与衰老相关的基因。这些富集包括“细胞呼吸”和“金属离子稳态”，以及与mTOR通路调控过程相关的功能术语：翻译、自噬和炎症。

值得注意的是，在PSGs中，包括了mTOR的调节因子RHEB和IGF1，两者都是衰老相关途径的核心组成部分，还有一些基因虽尚未被认知与衰老相关，但却是令人信服的功能候选者，例如RHEBL1、AMHR2、PSMG1和AGER。通过示例性的蛋白质同源建模，我们推测在正向选择下的氨基酸变化可能具有功能性的后果。因此，我们得出结论，我们的研究结果为后续研究提供了一项有价值的资源，旨在从机制上将发现的处于正向选择下的基因和氨基酸与衰老及寿命决定联系起来。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。