鸟类与哺乳动物共享正选择免疫基因数据集

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5061/dryad.kt24554

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 463.4 MB。

数据说明

功能相似基因中一致的正选择模式，可能提示一组物种存在共同的选择压力。我们利用39种鸟类的直系同源蛋白编码基因比对，估计了与鸟类中保守的11,000个基因的正选择相关参数。我们发现，与免疫系统、重组、脂质代谢和光转导相关的功能通路在正选择基因中富集。通过将我们的结果与哺乳动物数据比较，我们发现分类单元之间共享的正选择基因显著富集，并且这些共享的正选择基因在病毒免疫通路中富集。利用病原体感染挑战的转录组数据，我们发现响应病原体而上调表达的基因也在正选择基因中富集。总之，我们的结果表明，病原体尤其是病毒，在不同分化支系中持续靶向相同的基因，而这些基因在漫长的进化时间中是宿主-病原体冲突的热点。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。