龟类鼻腔微生物群落差异数据集：宿主物种、病原体与疾病

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5061/dryad.7f2v776

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 255.5 MB。

数据说明

大型生物的每一个表面都存在着多样的细菌群落，它们在维持宿主正常生理功能方面发挥着重要作用。随着近年来技术进步带来的数据涌入，微生物组研究得以扩展，但爬行动物的微生物组研究却落后于其他生物。我们对四种北美陆龟的鼻腔微生物组进行了测序，发现不同陆龟种类和采样地点之间的群落组成存在差异，其中德克萨斯和索诺兰沙漠陆龟的丰富度和多样性更高。利用这些数据，我们研究了潜在病原体龟巴斯德菌(Pasteurella testudinis)的流行率和操作分类单元(OTU)多样性，发现它常见、丰富且高度多样。然而，这种细菌的存在与宿主物种内细菌群落组成的差异无关。我们还发现，采样时陆龟鼻腔分泌物的存在与多样性下降和微生物组组成变化相关，我们认为这是由于免疫反应相关的严酷上皮环境所致。

在不同季节以及病原体定植的不同阶段进行重复采样，应有助于我们理解这些长寿宿主体内不同细菌群落的成因与后果。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。