克罗恩病 AG Chang 微生物组研究数据集
研究采用多参数微生物流式细胞术在单细胞水平表征微生物，对粪便样本染色检测宿主免疫球蛋白 IgA1、IgA2、IgM、IgG 以及针对甘露糖、半乳糖或 N-乙酰氨基葡萄糖表面糖基的凝集素结合，同时用 illumina MiSeq 平台进行 16S rRNA（V3-V4）测序确定微生物组组成
基本信息
资源简介
克罗恩病 AG Chang 微生物组研究数据集
Microbiota Study Crohn's Disease AG Chang
该数据集来自 zenodo.org，由 German Rheumatism Research Centre 发布，聚焦克罗恩病（CD）患者肠道微生物组。研究采用多参数微生物流式细胞术在单细胞水平表征微生物，对粪便样本染色检测宿主免疫球蛋白 IgA1、IgA2、IgM、IgG 以及针对甘露糖、半乳糖或 N-乙酰氨基葡萄糖表面糖基的凝集素结合，同时用 illumina MiSeq 平台进行 16S rRNA（V3-V4）测序确定微生物组组成。数据包含 64 名 CD 患者（队列1 55 人、队列2 19 人，队列2 含两个时间点各两份样本）的原始 .fcs 与 FASTQ 文件，并额外分析 55 名健康供体作为对照，所有 .fcs 文件。
【数据集背景】
项目资助方：TRR241 B03。源站首次发布：2024-08-26。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：我们通过多参数微生物流式细胞术方法研究了一个克罗恩病（CD）队列，以在单细胞水平表征微生物与疾病相关的属性。微生物从粪便样本中分离，并按照已发表的方案进行染色，用于检测（a）宿主免疫球蛋白 IgA1、IgA2、IgM、IgG 和（b）凝集素与甘露糖、半乳糖或 N-乙酰氨基葡萄糖表面糖基的结合。对于所有样本，我们还通过 illumina MiSeq 平台上的 16S rRNA（V3-V4）测序确定了微生物组组成。我们提供了 64 名 CD 患者的原始 .fcs 和 FASTQ 文件，这些患者分布在两个队列中（队列1 55 人，队列2 19 人）。队列2 有两个时间点的两份样本。作为比较，我们额外分析了 55 名健康供体。所有 .fcs 文件均在 BD Influx 上生成。元数据收集在 prov
【数据结构与技术规格】
文件数 6 个，合计 22.33 GB。数据集 DOI：10.5281/zenodo.13375351。
【主题与分类】
主题标签：克罗恩病、肠道微生物组、单细胞流式细胞术、16S rRNA 测序、免疫球蛋白、凝集素结合、消化系统疾病。本站分类：消化系统疾病/克罗恩病。
【获取与许可】
源站页面：https://zenodo.org/records/13375351
使用许可：cc-by-4.0。
【使用注意】
· 源站最后修改于 2024-08-27，引用时请注意版本时效。
下载信息
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使用方式
数据集获取（Zenodo 公开直链）
curl -L -o "CD_FASTQ_illumina.7z" "https://zenodo.org/api/records/13375351/files/CD_FASTQ_illumina.7z/content"
curl -L -o "CD_immuno_panel.7z" "https://zenodo.org/api/records/13375351/files/CD_immuno_panel.7z/content"
curl -L -o "meta.csv" "https://zenodo.org/api/records/13375351/files/meta.csv/content"
curl -L -o "Data Repository Crohn.docx" "https://zenodo.org/api/records/13375351/files/Data%20Repository%20Crohn.docx/content"
curl -L -o "panel.csv" "https://zenodo.org/api/records/13375351/files/panel.csv/content"
curl -L -o "CD_lectin_panel.7z" "https://zenodo.org/api/records/13375351/files/CD_lectin_panel.7z/content"
文件清单
CD_FASTQ_illumina.7z（14148.0 MB）CD_immuno_panel.7z（3692.2 MB）meta.csv（0.0 MB）Data Repository Crohn.docx（0.0 MB）panel.csv（0.0 MB）CD_lectin_panel.7z（3456.5 MB）
数据集大小约 22.33 GB。
数据说明
我们采用多参数微生物群流式细胞术方法，对克罗恩病（CD）队列进行了研究，以在单细胞水平上表征微生物群与疾病相关的特征。微生物群从粪便样本中分离，并根据已发表的方案进行染色，针对（a）宿主免疫球蛋白IgA1、IgA2、IgM、IgG以及（b）凝集素与甘露糖、半乳糖或N-乙酰氨基葡萄糖表面糖基团的结合。对于所有样本，我们还通过illumina MiSeq平台上的16S rRNA（V3-V4）测序确定了微生物组组成。我们提供了64名CD患者的原始.fcs和FASTQ文件，这些患者分为两个队列（队列1有55个个体，队列2有19个个体）。队列2有两个时间点的两个样本。为了进行比较，我们还额外分析了55名健康供体。所有.fcs文件均在BD Influx®上生成。元数据收集在提供的meta.csv中。染色参数总结在提供的panel.csv中。
许可
cc-by-4.0
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