健康轻度便秘人群菊粉交叉试验粪便样本16S rDNA扩增子测序数据
该数据集来自 omicsdi.org,为一项在健康、轻度便秘个体中开展的菊粉交叉试验的粪便样本 16S rDNA 扩增子测序数据,共覆盖 196 份人类粪便样本

基本信息
资源简介
健康轻度便秘人群菊粉交叉试验粪便样本16S rDNA扩增子测序数据
该数据集英文名称为 ceae09f4-f021-444d-b025-bee14880fa30 - samples,来源于 omicsdi.org,主题标签为 Genomics,在本站归类于消化系统疾病 / 便秘方向。其核心内容是一项在健康、轻度便秘个体中开展的菊粉交叉试验的粪便样本 16S rDNA 扩增子测序数据,共覆盖 196 份人类粪便样本。该数据集将肠道微生物组测序与菊粉干预试验相结合,为研究菊粉这类膳食纤维对健康人群及轻度便秘人群肠道菌群结构的影响提供了原始测序层面的数据基础,适合从事肠道微生态、膳食干预与功能性便秘相关研究的人员参考使用。
【数据集背景】
该数据集围绕菊粉干预与肠道菌群的关系展开。菊粉是一种常见的膳食纤维类益生元,常被用于研究膳食成分对肠道微生物群落的影响。该数据集所依托的试验以健康、轻度便秘个体为研究对象,采用交叉试验设计,即同一受试者在不同阶段接受不同干预条件,从而在个体内部进行比较,减少个体间差异带来的干扰。数据集的主题标签为 Genomics,说明其内容属于基因组学范畴,具体表现为对粪便样本中细菌 16S rDNA 特定区域进行扩增和测序,以获得群落层面的分类信息。本站将其归入消化系统疾病 / 便秘分类,体现了该数据在肠道功能与便秘相关研究中的潜在价值。
【数据内容】
数据集的核心内容是 196 份人类粪便样本的 16S rDNA 扩增子测序数据。16S rDNA 扩增子测序是微生物组研究中常用的技术路线,通过对细菌核糖体小亚基基因的保守区引物扩增和高通量测序,获得样本中细菌群落的组成信息。该数据集覆盖的样本数量为 196 份,全部来自人类粪便,属于与菊粉交叉试验配套的测序样本集合。数据集的英文名称中包含 samples 字样,表明其组织形态以样本为单位。除上述信息外,源站未提供关于测序平台、引物区域、序列读长、数据文件格式及数据量的进一步说明。
【采集与来源】
该数据集来源于 omicsdi.org。根据源站描述,其样本采集自一项在健康、轻度便秘个体中开展的菊粉交叉试验,采集对象为人类粪便样本,共 196 份。交叉试验的设计意味着样本与受试者的干预阶段相对应,但源站未提供受试者招募标准、干预剂量、干预周期、样本采集时间点及样本保存条件等具体细节。数据集的来源站为 omicsdi.org,本站仅依据源站信息对其进行归类与描述。
【适用场景】
该数据集适用于肠道微生物组相关的研究与分析场景,包括但不限于:研究菊粉干预前后粪便菌群组成的变化;比较健康个体与轻度便秘个体在交叉试验不同阶段的菌群差异;作为 16S rDNA 扩增子分析流程的输入数据,用于群落多样性、物种组成及差异丰度分析;也可作为膳食纤维与肠道菌群关系研究中的参考数据集。由于数据涉及人类粪便样本,在涉及受试者相关信息的分析中需遵循相应的伦理与数据使用规范。源站未提供该数据集在其他特定场景下的适用性说明。
【使用方法】
该数据集以样本为单位组织,使用时可按照 16S rDNA 扩增子测序数据的常规分析流程进行处理,包括序列质量控制、去噪或聚类、物种注释、多样性分析及群落组成比较等步骤。由于该数据集与菊粉交叉试验相关联,分析时需结合试验设计对样本进行分组,以体现交叉设计中的个体内比较。源站未提供具体的文件清单、数据格式、下载方式及配套元数据字段说明,使用前需向数据来源方确认相关细节。
【质量与限制】
该数据集的样本量为 196 份人类粪便样本,覆盖一项菊粉交叉试验,样本规模在同类干预研究中具有一定代表性。但源站未提供测序深度、序列质量评估、阴性对照设置、批次效应处理及数据完整性校验等信息,因此无法对数据质量作出进一步判断。此外,源站未提供受试者人口学信息、临床便秘评估指标及干预依从性等信息,限制了将测序结果与临床表型进行深入关联分析的可能性。使用者在分析时应充分考虑这些限制。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用方式与许可信息。使用者在引用或再利用该数据集前,应访问 omicsdi.org 上的原始条目,查阅其具体的引用要求、数据使用条款及许可声明。
下载信息
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需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
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公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAD00001004956
标准获取流程:
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- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
16S rDNA amplicon sequencing of 196 human fecal samples of an Inulin cross-over trial in healthy, mildly constipated individuals.
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