甲基化微阵列研究揭示PDGFA表达与胆道闭锁相关数据集
该数据集来自ebi.ac.uk,主题为胆道闭锁(BA)相关的甲基化微阵列研究,物种为Homo sapiens。研究利用甲基化微阵列技术检测人BA肝脏中特定基因的甲基化状态,发现BA样本在特定基因位点存在整体DNA低甲基化,且Hedgehog通路成员SHH和GLI2均呈低甲基化,验证了该方法的有效性

基本信息
资源简介
甲基化微阵列研究揭示PDGFA表达与胆道闭锁相关数据集
Methylation microarray studies highlight PDGFA expression as a factor in biliary atresia
该数据集来自ebi.ac.uk,主题为胆道闭锁(BA)相关的甲基化微阵列研究,物种为Homo sapiens。研究利用甲基化微阵列技术检测人BA肝脏中特定基因的甲基化状态,发现BA样本在特定基因位点存在整体DNA低甲基化,且Hedgehog通路成员SHH和GLI2均呈低甲基化,验证了该方法的有效性。数据可用于胆道闭锁的表观遗传机制探索、甲基化模式分类及候选基因筛选等研究(来源 BioStudies)。
【数据内容】
源站描述(机器翻译,仅供参考):胆道闭锁(BA)是一种进行性纤维炎症性疾病,是儿童肝移植的主要适应症。尽管有证据表明遗传、感染、环境和炎症因素参与其中,但BA的病因仍不清楚。我们最近报道,与疾病对照和非疾病对照相比,BA患者的胆管细胞显示DNA甲基化降低,支持DNA低甲基化在BA发病机制中的潜在作用。在本研究中,我们使用甲基化微阵列技术检测了人BA肝脏中特定基因的甲基化状态。我们发现,与疾病对照和非疾病对照相比,BA样本在特定基因位点存在整体DNA低甲基化。已知在BA中上调的Hedgehog通路成员SHH和GLI2均呈低甲基化,验证了该方法作为一种研究工具的有效性。A
【主题与分类】
主题标签:methylation profiling by array、Homo sapiens。本站分类:消化系统疾病/胆道闭锁。
【获取与许可】
源站页面:https://ebi.ac.uk/biostudies/arrayexpress/studies/E-GEOD-69948
下载信息
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pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
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- OpenDataLab:
数据说明
Randolph Matthews (2015). Methylation microarray studies highlight PDGFA expression as a factor in biliary atresia [Dataset]. https://www.ebi.ac.uk/biostudies/arrayexpress/studies/E-GEOD-69948
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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