液体活检RNAseq监测药物处置基因表达：胆汁淤积性疾病概念验证

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE302189

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

治疗药物在代谢和处置方面的患者间变异性与酶和药物转运蛋白的表达及活性差异相关。直接测定此类蛋白质在相关器官中的表达受限于组织活检的可及性。本文提出，在血浆来源的细胞外囊泡（EVs）中表征此类通路作为液体活检，是组织活检的一种微创且广泛可及的替代方案。本报告提供了从两组健康和胆汁淤积血浆样本（n = 3）中提取、表征EVs并进行RNAseq的技术说明。在方案不同阶段实施的质量控制（QCs）确保了EVs和提取RNA的质量，以满足下游分析需求。这些QCs包括可视化、粒径分布、蛋白质含量以及RNA质量和产量。提取的EVs是小囊泡和大囊泡的混合物（35-350 nm）。重复RNAseq数据反映出强相关性（Pearson r = 1，p < 0.001）、低偏倚（平均倍数误差 = 1）以及重复间有限的离散度（绝对平均倍数误差 = 1.34）。

该方法能够监测656个药理学相关基因的cfRNA表达，包括199个外源性物质代谢酶、444个转运体和11个转录因子。估算了93%受监测的药代动力学通路中表达相对于健康基线的疾病扰动。这些数据连同人口统计学和血浆白蛋白变化，被用于生成胆汁淤积群体药代动力学模型。该模型反映了与早期胆汁淤积一致的布地奈德和环孢素暴露。该模型还反映了血清胆红素升高，可能源于肝胆转运失调。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。