GSE32442 与 GSE33128 的重归一化数据集
该数据集来自 omicsdi.org,是对 GSE32442 和 GSE33128 的原始数据以及 GSE32442 的输入数据集采用 reads per million 方法进行重归一化后得到的

基本信息
资源简介
GSE32442 与 GSE33128 的重归一化数据集
该数据集英文名为 Renormalization of GSE32442 and GSE33128,来源于 omicsdi.org,属于消化系统疾病下腹痛相关分类,主题标签为 Genomics。其核心内容是对 GSE32442 与 GSE33128 两个原始数据集,以及 GSE32442 的输入数据集,采用 reads per million 方法进行重归一化处理,最终形成包含 11 个样本的数据集合。该数据集面向基因组学分析场景,可为后续差异表达、样本比较或数据整合研究提供经过统一归一化处理的输入材料。整体而言,该数据集强调对原始测序数据的重归一化,以降低不同数据集之间因测序深度或数据处理方式差异带来的技术偏差,从而提升数据在跨数据集分析中的可比性。
【数据集背景】
该数据集涉及 GSE32442 和 GSE33128 两个原始数据集。根据来源站描述,这两个数据集的原始数据以及 GSE32442 的输入数据集均被重新归一化,所采用的方法为 reads per million。重归一化通常用于将不同来源或不同批次的测序数据调整到可比较的尺度,以便在后续分析中减少因测序深度不同而产生的偏差。该数据集被归类于消化系统疾病 / 腹痛,主题标签为 Genomics,表明其应用背景与消化系统疾病中的腹痛相关研究领域存在关联。关于 GSE32442 和 GSE33128 的具体研究目的、样本类型、疾病模型或实验设计,源站未提供。
【数据内容】
该数据集包含来自 GSE32442 和 GSE33128 的 11 个样本。其内容为经过 reads per million 方法重归一化后的数据。来源站描述指出,重归一化对象包括 GSE32442 和 GSE33128 的原始数据,以及 GSE32442 的输入数据集。因此,该数据集并非完全原始未处理的测序读数,而是经过统一归一化处理后的数据集合。关于这 11 个样本的具体分组、生物学重复数量、测序平台、读长、基因注释版本、表达矩阵格式或具体文件类型,源站未提供。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 omicsdi.org。其数据基础来自 GSE32442 和 GSE33128 两个数据集,并对 GSE32442 的输入数据集一并进行了重归一化。关于原始样本的采集地点、采集时间、受试者信息、伦理审批信息、实验操作流程以及原始数据生成平台,源站未提供。
【适用场景】
基于其主题标签 Genomics 以及消化系统疾病 / 腹痛的分类,该数据集可用于基因组学相关的数据探索与分析。由于数据已经采用 reads per million 进行重归一化,可能适用于需要跨数据集比较或整合分析的场景,例如对 GSE32442 与 GSE33128 进行联合分析时,降低因测序深度差异带来的影响。此外,该数据集也可作为方法学研究中讨论重归一化策略的示例数据。关于具体适用的疾病机制研究、生物标志物发现或临床诊断应用,源站未提供。
【使用方法】
该数据集的使用方式应围绕其已重归一化的数据属性展开。使用者可直接利用经过 reads per million 处理后的数据开展后续统计分析或可视化。若需与原始数据或其他归一化方法的结果进行比较,应注意该数据集已经过重归一化,不宜将其等同于原始未处理读数。关于具体的文件下载方式、数据格式解析、软件工具推荐、参数设置或分析流程,源站未提供。
【质量与限制】
该数据集的一个明确特征是采用 reads per million 进行重归一化,这有助于在不同样本或不同数据集之间建立相对可比的尺度。然而,关于该重归一化过程的具体参数、是否进行其他预处理步骤、是否存在批次效应校正、样本质量评估指标、缺失值处理方式以及数据完整性验证结果,源站未提供。此外,该数据集仅包含 11 个样本,样本量相对有限,可能限制某些统计分析的效力。关于其适用范围和潜在偏差,源站未提供进一步说明。
【引用与许可】
该数据集来源于 omicsdi.org,涉及 GSE32442 和 GSE33128。关于原始数据集的引用要求、数据许可协议、使用限制、商业用途规定以及再分发条件,源站未提供。使用者在利用该数据集时,应自行查阅来源站及相关原始数据集页面以确认引用与许可信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-35878
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
来自GSE32442和GSE33128的原始数据以及GSE32442的输入数据集,均采用每百万读数进行重新归一化处理。涉及GSE32442和GSE33128中的11个样本。
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