美国FDA FAERS药物不良事件关系型CSV数据集

该数据集来自zenodo.org,是对美国FDA FAERS药物不良事件数据库的早期处理尝试,原始数据取自open.fda.gov,经作者脚本将约100 GB的JSON文件转换为约6 GB的关系型CSV,便于加载到PostgreSQL等关系数据库

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2020-01-24 更新
浏览 5
文本openfda
US FDA FAERS Drug Adverse Event Dataset Processed as Relational CSV

基本信息

模态
文本
大小
0.809412466 GB
许可
cc-by-nc-4.0
创建/更新时间
2020-01-24

资源简介

美国FDA FAERS药物不良事件关系型CSV数据集

US FDA FAERS Drug Adverse Event Dataset Processed as Relational CSV

该数据集来自zenodo.org,是对美国FDA FAERS药物不良事件数据库的早期处理尝试,原始数据取自open.fda.gov,经作者脚本将约100 GB的JSON文件转换为约6 GB的关系型CSV,便于加载到PostgreSQL等关系数据库。数据版本处理于2016年1月29日,包含faerscsv.tar.bz2和faerstats.tar.bz2两个文件,前者含每个源JSON对应的4个关系型CSV,后者含各CSV的汇总统计文本。可用于药物不良事件的关系型数据存储、查询与统计分析,但作者提示处理脚本与结果尚未完全验证(来源 Zenodo,cc-by-nc-4.0 许可)。

【数据集背景】

源站首次发布:2016-02-04。

【数据内容】

源站描述(机器翻译,仅供参考):警告:这是处理大型数据集的早期尝试,我尚未完全验证处理脚本或生成的CSV文件。这是一个美国FDA FAERS药物不良事件数据库的压缩存档,数据取自open.fda.gov( GB的JSON文件转换为占用约6 GB空间的关系型CSV,适合加载到PostgreSQL等关系型数据库。此版本数据于2016年1月29日处理。faerscsv.tar.bz2解压后得到一个名为csv的文件夹,每个源JSON文件对应4个关系型CSV文件。faerstats.tar.bz2解压后得到一个名为stats的文件夹,每个CSV文件对应一个文本文件,其中包含由csvstat(Python CSVkit)生成的汇总统计信息。

【数据结构与技术规格】

文件数 2 个,合计 809.41 MB。数据集 DOI:10.5281/zenodo.45589。

【主题与分类】

主题标签:openfda。本站分类:化学诱发性障碍/其他。

【获取与许可】

源站页面:https://zenodo.org/records/45589

使用许可:cc-by-nc-4.0。

【使用注意】

· 源站最后修改于 2020-01-24,引用时请注意版本时效。

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使用方式

数据集获取(Zenodo 公开直链)

curl -L -o "faerscsv.tar.bz2" "https://zenodo.org/api/records/45589/files/faerscsv.tar.bz2/content"
curl -L -o "faerstats.tar.bz2" "https://zenodo.org/api/records/45589/files/faerstats.tar.bz2/content"

文件清单

  • faerscsv.tar.bz2(770.1 MB)
  • faerstats.tar.bz2(1.8 MB)

数据集大小约 809.4 MB。

数据说明

警告:这是处理大型数据集的早期尝试,我尚未完全验证处理脚本或生成的CSV文件。这是一个压缩存档,包含美国FDA FAERS药物不良事件数据库,数据来源于open.fda.gov(https://open.fda.gov),并使用我编写的脚本(https://github.com/dbuijs/faers2csv)进行处理,将100 GB的JSON文件转换为占用约6 GB空间的关系型CSV文件,适合加载到PostgreSQL等关系型数据库中。此版本数据于2016年1月29日处理。faerscsv.tar.bz2解压后得到一个名为csv的文件夹,其中每个源JSON文件对应4个关系型CSV文件。faerstats.tar.bz2解压后得到一个名为stats的文件夹,其中每个CSV文件都有一个文本文件,包含由csvstat(Python CSVkit)生成的汇总统计信息。

许可

cc-by-nc-4.0

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