人类HepG2细胞系对特定药物活性化合物(对乙酰氨基酚)应答的转录谱分析

该数据集来自 omicsdi.org,主题为转录组学,聚焦人 HepG2 细胞系在特定药物活性化合物 Acetaminophen 挑战下的转录谱分析

omicsdi
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基因组回归Transcriptomics
Transcription profiling of human HepG2 cell line  response to challenge by a specific pharmaceutically active compound (Acetaminophen)LGC_ACAP__DD4_Tox

基本信息

模态
基因组
任务类型
回归
创建/更新时间
2026-10-12

资源简介

人类HepG2细胞系对特定药物活性化合物(对乙酰氨基酚)应答的转录谱分析

该数据集名为 Transcription profiling of human HepG2 cell line response to challenge by a specific pharmaceutically active compound (Acetaminophen)LGC_ACAP__DD4_Tox,来自 omicsdi.org,主题标签为 Transcriptomics,本站分类归入化学诱发性障碍 / 其他。其核心内容是围绕人 HepG2 细胞系在特定药物活性化合物 Acetaminophen 挑战下所开展的转录谱分析,旨在从转录组层面观察细胞对该化合物暴露的响应特征。源站描述进一步指出,该研究还关注样本 RIN 对 HepG2 细胞系在 Acetaminophen 挑战后所生成表达谱的影响。整体而言,该数据集属于转录组学范畴,以人肝癌来源的 HepG2 细胞系为实验对象,以 Acetaminophen 作为处理因素,并涉及样本 RNA 完整性与表达谱结果之间关系的考察,可用于理解药物暴露条件下细胞转录活动的变化及相关实验因素对表达谱的影响。

【数据集背景】

该数据集聚焦于化学诱发性障碍 / 其他这一分类方向,研究背景建立在人 HepG2 细胞系对特定药物活性化合物 Acetaminophen 挑战的响应之上。Acetaminophen 是一种具有药理活性的化合物,在体外细胞模型中常被用于观察药物处理对细胞状态和基因表达的影响。HepG2 作为人源细胞系,是转录组研究中常见的体外模型。源站描述表明,该数据集不仅关注 Acetaminophen 挑战后的表达谱,还特别关注样本 RIN 对表达谱生成的影响。因此,其背景同时涉及药物暴露响应与转录组实验质量因素两个方面。

【数据内容】

该数据集的主题标签为 Transcriptomics,即转录组学。其英文名称明确指向“人 HepG2 细胞系对特定药物活性化合物 Acetaminophen 挑战的转录谱分析”。从源站描述可知,数据集所涉及的内容包括在 HepG2 细胞系中,经 Acetaminophen 挑战后生成的表达谱,以及样本 RIN 对该表达谱的影响。关于具体样本数量、基因数量、表达矩阵规模、差异表达基因列表、统计阈值、实验分组细节等,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源站为 omicsdi.org。其英文名称中包含 LGC_ACAP__DD4_Tox 这一标识。源站描述提到,研究目的是确定样本 RIN 对 HepG2 细胞系在 Acetaminophen 挑战后所生成表达谱的影响。关于样本采集地点、采集时间、实验平台、测序或芯片型号、试剂来源、数据处理流程等,源站未提供。

【适用场景】

基于现有信息,该数据集适用于转录组学相关分析场景,尤其是围绕人 HepG2 细胞系在 Acetaminophen 挑战下的表达谱研究。由于源站描述强调样本 RIN 对表达谱的影响,该数据集也可用于关注 RNA 完整性如何影响转录组表达谱结果的场景。其分类为化学诱发性障碍 / 其他,因此可能与化学物质暴露相关研究背景存在关联。关于具体疾病模型、毒理终点、药物安全性评价流程等,源站未提供。

【使用方法】

该数据集来自 omicsdi.org,主题为转录组学。关于如何下载、访问、解析、归一化、统计分析或可视化该数据集,源站未提供。关于是否提供原始数据、处理后数据、元数据表、注释文件或分析代码,源站未提供。

【质量与限制】

源站描述明确涉及样本 RIN 对表达谱的影响,说明 RNA 完整性可能是该数据集关注的重要实验因素。该数据集的主题标签为 Transcriptomics,分类为化学诱发性障碍 / 其他。关于数据质量评分、批次效应、重复数、对照设置、测序深度、覆盖度、缺失值比例、标准化方法、验证实验等,源站未提供。由于仅能依据现有信息描述,无法对该数据集的完整性、偏倚风险或可重复性作出进一步判断。

【引用与许可】

该数据集来源站为 omicsdi.org,英文名称为 Transcription profiling of human HepG2 cell line response to challenge by a specific pharmaceutically active compound (Acetaminophen)LGC_ACAP__DD4_Tox。关于引用格式、作者列表、发表文献、DOI、许可协议、使用限制或商业使用条件,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-MEXP-2341

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

To determine the effect of sample RIN on an expression profile generated in a HepG2 cell line in response to challenge by a specific pharmaceutically active compound (Acetaminophen).

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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