PXD000312：汞独特改变B细胞蛋白磷酸化谱

数据集获取

源站：https://ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD000312

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

为验证HgCl2在B细胞中作为磷酸酪氨酸磷酸酶抑制剂的假设，我们用100 uM或250 uM的HgCl2、100 nM的冈田酸或25 uM的过钒酸盐处理WEHI-231细胞系10分钟，并通过TiO2亲和层析和LC-MS/MS分析磷酸化蛋白质组。WEHI-231细胞提取物经胰蛋白酶消化，使用TiO2亲和层析分离磷酸肽。洗脱液干燥后重悬于反相HPLC上样缓冲液中，用于纳流HPLC、电喷雾电离及在Thermo LTQ质谱仪上的分析。数据通过Scaffold中的肽段预言算法分析，以Mascot和X!Tandem搜索结果作为输入。串联质谱图由Proteome Discoverer（ThermoFisher Scientific）版本1.4.0.288提取。未进行电荷状态去卷积和去同位素处理。所有MS/MS数据使用Mascot（Matrix Science，伦敦，英国，版本2.4.0）和X!Tandem（The GPM，thegpm.org；版本CYCLONE (2010.12.01.1)）分析。Mascot和X!Tandem均设置为搜索SwissProt数据库2013_04版本（选择小鼠，16611条目），假定消化酶为胰蛋白酶。

谱图搜索采用碎片离子质量容差0.70 Da和母离子质量容差3.5 Da。半胱氨酸的碘乙酰胺衍生物被指定为固定修饰。甲硫氨酸氧化、N端乙酰化以及丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸磷酸化被指定为可变修饰。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。