小鼠遗传与性别因素提升与人类成瘾研究一致性的考量

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE166003

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

关于研究结果跨物种转化以及啮齿动物模型外部效度的担忧，往往基于对多样性有限的人群所进行的狭窄研究的结果。个体变异的来源——包括遗传和性别——在模式生物研究中通常并未被直接涵盖。在啮齿动物研究中明确纳入个体差异，有可能揭示与人类成瘾相关的保守表型和分子系统。与大多数复杂疾病一样，可卡因使用障碍的风险存在相当大的个体间变异。我们调查了八种近交小鼠品系雄性和雌性的可卡因相关行为特征，这些品系的基因组共同涵盖了小鼠物种90%的遗传多样性。在这些品系中，个体差异解释了可卡因反应性或可卡因反应预测性行为与生理表型中相当大比例的变异。纳入野生来源的小鼠品系往往将这些行为的表型范围扩展到超出常规家养实验室小鼠品系所观察到的范围。

纹状体对可卡因的转录反应也高度依赖于品系和性别差异，大多数可卡因反应基因的表达差异受到品系、性别或二者组合的调节。我们将小鼠中对可卡因的品系和性别介导的转录反应与可卡因使用障碍患者的转录组分析进行了比较，发现小鼠与人类的相似性高度依赖于小鼠的遗传背景和性别。具体而言，雄性WSB/EiJ小鼠和雌性NOD/ShiLtJ小鼠与可卡因使用障碍患者在中枢神经转录一致性方面表现出最高程度的重合。因此，模式生物的多样性是生物信息的重要来源，能够大幅提升成瘾风险机制研究的外部效度。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。