Caco-2细胞暴露于脱氧雪腐镰刀菌烯醇及其乙酰化衍生物的转录组分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE164334

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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数据说明

脱氧雪腐镰刀菌烯醇（DON）、3-乙酰脱氧雪腐镰刀菌烯醇（3-ADON）和15-乙酰脱氧雪腐镰刀菌烯醇（15-ADON）属于B型单端孢霉烯族毒素，是食品和饲料产品中的主要污染物。尽管DON的毒性已被充分证实，但其乙酰化衍生物的毒性信息仍不完整。为更深入地了解3-ADON和15-ADON的毒性，本研究对经0.5 µM DON、3-ADON和15-ADON处理24 h的Caco-2细胞进行了RNA-seq分析。本研究分别筛选出2656、3132和2425个差异表达基因（DEGs），并利用KEGG和GO数据库对其进行富集分析。共济失调毛细血管扩张突变激酶（ATM）、WEE1同源物2（WEE2）的上调以及增殖细胞核抗原（PCNA）、微小染色体维持蛋白（MCMs）、细胞周期蛋白依赖性激酶（CDKs）、E2Fs的下调表明，这三种毒素在Caco-2细胞中诱导了DNA损伤、DNA复制抑制和细胞周期阻滞。除此之外，Sestrin（SENEs）和NEIL1的上调提示DNA损伤的原因可能归因于氧化应激。本研究为3-ADON和15-ADON的毒性机制提供了新的见解。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。