利用致癌物暴露的原代小鼠肝细胞体外生成的microRNA和mRNA谱预测体内遗传毒性和致癌性

该数据集来自omicsdi.org,属于化学诱发性障碍/其他分类,主题标签为Transcriptomics。数据内容涉及利用致癌物暴露的原代小鼠肝细胞在体外生成的microRNA和mRNA表达谱,旨在用于预测体内遗传毒性和致癌性

omicsdi
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基因组预测Transcriptomics
Exploiting microRNA and mRNA profiles generated in vitro from carcinogen-exposed primary mouse hepatocytes for predicting in vivo genotoxicity and carcinogenicity

基本信息

模态
基因组
任务类型
预测
创建/更新时间
2026-10-13

资源简介

利用致癌物暴露的原代小鼠肝细胞体外生成的microRNA和mRNA谱预测体内遗传毒性和致癌性

该数据集聚焦于利用致癌物暴露的原代小鼠肝细胞在体外生成的microRNA与mRNA表达谱,探索其在预测体内遗传毒性和致癌性方面的应用潜力。数据集英文名称为“Exploiting microRNA and mRNA profiles generated in vitro from carcinogen-exposed primary mouse hepatocytes for predicting in vivo genotoxicity and carcinogenicity”,在来源站omicsdi.org上被归入化学诱发性障碍/其他分类,主题标签为Transcriptomics。从整体定位看,该数据集属于转录组学范畴,核心价值在于将体外细胞模型产生的分子表达信息与体内毒性终点建立关联,从而为毒理学评价和致癌性预测提供数据基础。源站描述指出,该SuperSeries由若干SubSeries组成,具体内容需参考各个子系列。以下从背景、内容、来源、适用场景、使用方法、质量与限制以及引用与许可等方面展开介绍。

【数据集背景】

在毒理学与安全性评价领域,如何减少动物实验、提高测试通量并提升对遗传毒性和致癌性的预测能力,长期是研究关注的重点。原代小鼠肝细胞作为体外模型,能够在受控条件下接触致癌物,并产生可测量的分子响应。该数据集正是围绕这一思路,采集致癌物暴露后原代小鼠肝细胞中的microRNA和mRNA表达谱,试图通过转录组层面的变化来反映化合物潜在的体内毒性效应。其英文名称直接点明了研究目的:利用体外生成的microRNA和mRNA谱预测体内遗传毒性和致癌性。这一背景使其在化学诱发性障碍相关研究中具有潜在参考价值。

【数据内容】

数据集的核心内容为致癌物暴露的原代小鼠肝细胞在体外产生的microRNA和mRNA表达谱。主题标签为Transcriptomics,表明数据属于转录组学类型,涉及对RNA表达水平的系统检测。源站描述仅说明该SuperSeries由下方列出的SubSeries组成,并提示参考各个独立Series,未进一步展开每个子系列的具体样本数量、检测平台、表达矩阵或分析结果。因此,关于数据的具体组成、文件格式、样本规模及统计结果,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于omicsdi.org。源站描述表明其结构为SuperSeries,由多个SubSeries构成,并建议参考各个独立Series获取详细信息。关于样本采集的具体实验条件、致癌物种类、暴露剂量与时间、细胞培养与测序平台等,源站未提供。数据所属分类为化学诱发性障碍/其他,主题标签为Transcriptomics。

【适用场景】

基于其主题与名称,该数据集可应用于转录组学相关研究,尤其是围绕microRNA和mRNA表达谱的分析。其设计目标指向利用体外原代小鼠肝细胞模型预测体内遗传毒性和致癌性,因此潜在适用场景包括毒理学研究、遗传毒性评价、致癌性预测方法开发以及体外替代模型的探索。此外,由于涉及microRNA与mRNA两类表达谱,也可能用于研究转录后调控与毒性响应之间的关系。但具体适用条件与验证范围,源站未提供。

【使用方法】

源站描述指出该SuperSeries由SubSeries组成,并提示参考各个独立Series。因此,合理的使用方式应是从各个子系列入手,了解其具体数据内容与结构。关于数据下载方式、预处理流程、归一化方法、分析工具或建模步骤,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为SuperSeries结构,源站描述未提供样本量、技术重复、平台信息、数据完整性或质控指标。其名称中提及“预测体内遗传毒性和致癌性”,但源站未给出预测性能、验证结果或适用性边界。因此,关于数据质量与限制的具体信息,源站未提供。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式、许可协议、使用条款或版权信息,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-72088

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

This SuperSeries is composed of the SubSeries listed below. Refer to individual Series

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