叶绿素衍生物132-羟基脱镁叶绿素a对斑马鱼代谢组的影响
该数据集来自omicsdi.org,研究叶绿素衍生物132-羟基脱镁叶绿素a对斑马鱼代谢组的影响。斑马鱼幼鱼在3 DPF至5 DPF暴露于该衍生物,设置DMSO 0.1%溶剂对照组、7.5 μg/ml(hpa1)和15 μg/ml(hpa2)两个暴露组,代谢物提取基于Lin等2019年方法并作修改

基本信息
资源简介
叶绿素衍生物132-羟基脱镁叶绿素a对斑马鱼代谢组的影响
该数据集英文名为 Effects of the chlorophyll derivative 132-hydroxypheophytine a on zebrafish metabolomics,来源于 omicsdi.org,主题标签为 Proteomics,在本站归类为化学诱发性障碍 / 其他。数据集围绕叶绿素衍生物 132-羟基脱镁叶绿素 a(hpa)对斑马鱼代谢组的影响展开:斑马鱼幼鱼在 3 DPF 至 5 DPF 期间暴露于该衍生物,实验设置 DMSO 0.1% 溶剂对照组以及 7.5 μg/ml(hpa1)和 15 μg/ml(hpa2)两个暴露组,代谢物提取在 Lin 等 2019 年发表的方法基础上作了一定修改。相关研究成果已发表于 European Journal of Pharmacology,论文于 2023 年 10 月 24 日被接收,DOI 为 10.1016/j.ejphar.2023.176158。该数据集可用于了解该叶绿素衍生物暴露条件下斑马鱼幼鱼代谢层面的研究材料与实验设计信息。
【数据集背景】
该数据集关注叶绿素衍生物 132-羟基脱镁叶绿素 a 的生物学作用。源站描述所引论文的标题为 Insights into the mechanism of action of the chlorophyll derivative 132-hydroxypheophytine a on reducing neutral lipid reserves in zebrafish larvae and mice adipocytes,作者包括 Ana Carrasco del Amor、Rene Hernandez Butista、Siegfried Ussar、Susana Cristobal 和 Ralph Urbatzka。从论文标题可以看出,研究工作涉及该衍生物降低斑马鱼幼鱼和小鼠脂肪细胞中性脂质储备的作用机制。数据集本身聚焦于斑马鱼在暴露于该衍生物后的代谢组研究,属于化学诱发性障碍 / 其他这一本站分类下的数据资源。
【数据内容】
数据内容对应斑马鱼幼鱼暴露实验中的代谢组样本。实验从 3 DPF 持续到 5 DPF,共设三个实验组:DMSO 0.1% 溶剂对照组、hpa 7.5 μg/ml 组(hpa1)和 hpa 15 μg/ml 组(hpa2)。代谢物提取采用 Lin 等 2019 年发布的方法并作修改,该方法出处为 DOI 10.1016/j.bbrc.2019.04.003。数据集主题标签为 Proteomics。除上述分组与提取方法信息外,源站未提供具体的代谢物种类、检测平台、样本数量或数据文件构成等细节。
【采集与来源】
数据集来源站为 omicsdi.org。生物样本为斑马鱼幼鱼,暴露窗口为 3 DPF 至 5 DPF。暴露物质为叶绿素衍生物 132-羟基脱镁叶绿素 a,对照为 0.1% DMSO 溶剂对照,两个暴露浓度分别为 7.5 μg/ml 和 15 μg/ml。代谢物提取流程参考 Lin 等 2019 年的方法并作修改。源站描述指出,全部细节可在发表该数据集的论文中查到,论文发表于 European Journal of Pharmacology,接收日期为 2023 年 10 月 24 日,DOI 为 10.1016/j.ejphar.2023.176158。关于样本采集地点、仪器型号与数据处理软件等信息,源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于研究与叶绿素衍生物 132-羟基脱镁叶绿素 a 暴露相关的斑马鱼幼鱼代谢组变化,也可用于比较不同暴露浓度(7.5 μg/ml 与 15 μg/ml)相对于 DMSO 溶剂对照的代谢层面差异。结合源站所引论文的研究主题,该数据可用于支撑关于该衍生物降低中性脂质储备作用机制的探讨。此外,数据可作为一种化学暴露实验设计参考,用于了解斑马鱼幼鱼短期暴露窗口(3 DPF 至 5 DPF)与代谢物提取流程的组织方式。具体分析用途应以原始论文所述内容为准,源站未提供其他适用场景说明。
【使用方法】
使用该数据集时,可依据三个实验组的分组信息组织比较分析:DMSO 0.1% 溶剂对照组作为参照,hpa1(7.5 μg/ml)与 hpa2(15 μg/ml)作为两个暴露水平。代谢物提取流程需参考 Lin 等 2019 年方法及其修改说明,该方法的 DOI 为 10.1016/j.bbrc.2019.04.003。由于源站描述提示全部细节见发表论文,使用前应查阅 European Journal of Pharmacology 上 DOI 为 10.1016/j.ejphar.2023.176158 的论文,以获取实验与数据处理的具体步骤。关于数据文件格式、下载方式与分析工具,源站未提供。
【质量与限制】
该数据集有明确的实验分组、暴露时间窗、暴露浓度与代谢物提取方法出处,并关联到经同行评议期刊接收的论文,便于追溯实验细节。其限制在于:源站描述未提供样本量、代谢物鉴定数量、检测平台、原始数据质量指标与统计分析方法等信息,因此无法仅依据源站信息评估数据的技术质量与可重复性。此外,数据集主题标签为 Proteomics,而源站描述主要涉及代谢组与代谢物提取,两者之间的关系源站未作进一步说明。使用时应以原始论文为准,并注意该数据仅对应斑马鱼幼鱼在特定暴露窗口与特定浓度下的实验条件,不宜外推到其他物种、发育阶段或暴露方案。
【引用与许可】
引用该数据集相关研究时,应引用源站描述所列论文:Insights into the mechanism of action of the chlorophyll derivative 132-hydroxypheophytine a on reducing neutral lipid reserves in zebrafish larvae and mice adipocytes,作者为 Ana Carrasco del Amor、Rene Hernandez Butista、Siegfried Ussar、Susana Cristobal、Ralph Urbatzka,发表于 European Journal of Pharmacology,DOI 为 10.1016/j.ejphar.2023.176158。代谢物提取方法的出处为 Lin 等 2019 年工作,DOI 为 10.1016/j.bbrc.2019.04.003。关于该数据集的许可条款与使用限制,源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://omicsdi.org/dataset/massive/MSV000092187
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
斑马鱼幼鱼从受精后3天(3 DPF)至5天(5 DPF)暴露于叶绿素衍生物13-2-羟基脱镁叶绿素a。代谢物提取参照Lin等人2019年发表的方案(10.1016/j.bbrc.2019.04.003)并作部分修改。实验分为3组:0.1% DMSO(溶剂对照)、7.5 μg/ml hpa(hpa1)和15 μg/ml hpa(hpa2)。所有细节见发表该数据集的论文。标题:叶绿素衍生物132-羟基脱镁叶绿素a降低斑马鱼幼鱼和小鼠脂肪细胞中性脂质储备的作用机制研究。作者:Ana Carrasco del Amor, Rene Hernandez Butista, Siegfried Ussar, Susana Cristobal, Ralph Urbatzka。《欧洲药理学杂志》,接收日期:2023年10月24日,doi: 10.1016/j.ejphar.2023.176158
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册(NMPA/FDA)?
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连,提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。




