原代小鼠肝细胞药物诱导肝毒性筛选的组学方法
该数据集来自omicsdi.org，聚焦原代小鼠肝细胞在药物诱导肝毒性筛选中的组学应用。研究以环孢素A处理原代小鼠肝细胞，采用差异凝胶电泳分析蛋白质表达变化，并进一步检测这些失调蛋白对应的mRNA表达水平
基本信息
资源简介
原代小鼠肝细胞药物诱导肝毒性筛选的组学方法
药物诱导的肝毒性是候选药物在研发过程中被淘汰的主要原因之一，因此亟需新的筛选方法，以便在药物开发过程中更早、更准确地预测此类风险。在各类体外肝毒性模型中，原代人肝细胞被视为“金标准”，但其来源稀缺且个体间差异较大，应用受到限制。原代小鼠肝细胞有望克服这些局限。在此背景下，该数据集围绕原代小鼠肝细胞在药物诱导肝毒性筛选中的组学应用展开，采用环孢素A处理原代小鼠肝细胞，通过差异凝胶电泳研究蛋白质表达变化，并进一步分析这些失调蛋白对应的mRNA表达水平，为肝毒性早期预测提供组学层面的观察视角。
【数据集背景】
药物诱导的肝毒性是药物研发中候选药物淘汰的重要诱因，开发能够更早、更准确预测此类危害的筛选方法具有现实需求。在体外肝毒性模型中，原代人肝细胞被普遍视为“金标准”，但其使用受到来源稀缺和显著个体间差异的制约。为克服这些限制，研究者将目光转向原代小鼠肝细胞。该数据集正是在这一研究脉络下产生，聚焦原代小鼠肝细胞在药物诱导肝毒性筛选中的组学应用，主题标签为转录组学（Transcriptomics），本站分类归入化学诱发性障碍 / 其他。
【数据内容】
该数据集的核心内容涉及原代小鼠肝细胞在暴露于环孢素A之后的分子层面变化。研究采用差异凝胶电泳分析蛋白质表达变化，随后针对环孢素A处理细胞中这些失调蛋白，进一步检测其mRNA表达水平。研究观察到环孢素A诱导了内质网应激并改变了内质网-高尔基体运输，这可能改变囊泡介导的过程。数据集英文名称为“Drug-induced hepatotoxicity screening in primary mouse hepatocytes, an Omics approach.”，整体上属于以组学手段考察药物诱导肝毒性的研究数据。
【采集与来源】
该数据集来源于omicsdi.org。其研究体系为原代小鼠肝细胞，处理因素为环孢素A。在技术路线上，先以差异凝胶电泳获取蛋白质表达变化信息，再对相应失调蛋白的mRNA表达水平进行分析。除上述来源与实验体系信息外，源站未提供关于样本数量、采集时间、具体实验地点等更多细节。
【适用场景】
基于现有信息，该数据集适用于药物诱导肝毒性筛选相关的研究情境，尤其是围绕原代小鼠肝细胞作为体外模型、以环孢素A作为处理因素的组学分析。其主题标签为转录组学，可用于关注蛋白质表达变化及其对应mRNA表达水平的分析场景，并涉及内质网应激以及内质网-高尔基体运输改变等生物学过程的观察。关于更具体的适用条件与适用范围，源站未提供。
【使用方法】
源站未提供该数据集的具体使用方法，包括数据获取方式、分析流程、软件工具或操作步骤等均未说明。
【质量与限制】
源站未提供关于该数据集质量评估与限制条件的明确说明。就背景信息而言，原代人肝细胞虽被视为“金标准”，但存在来源稀缺和个体间差异大的问题，原代小鼠肝细胞被视为可能克服这些局限的替代选择；这一背景可用于理解该数据集的定位，但不构成对该数据集自身质量或局限的具体评价。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用方式与许可信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
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提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-33742
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
药物诱导的肝毒性是药物研发中候选药物淘汰的主要原因。因此，需要新的筛选方法，以便在药物研发过程中更准确、更早地预测这些风险。在所有体外肝毒性模型中，原代人肝细胞被认为是“金标准”。然而，这些肝细胞的使用受到其稀缺性和显著的个体间变异的阻碍。这些局限性可能通过使用原代小鼠肝细胞来克服。在此背景下，使用差异凝胶电泳研究了暴露于环孢素A后原代小鼠肝细胞中蛋白质表达的变化。此后，分析了环孢素A处理细胞中这些失调蛋白的mRNA表达水平。环孢素A诱导内质网应激并改变内质网-高尔基体运输，这可能改变囊泡介导的运输和蛋白质分泌。此外，在环孢素A挑战下观察到的差异表达蛋白与胆汁淤积机制相关。对于每个生物学实验，进行了一次杂交，每个阵列一个样本。
总共使用了6个阵列，用于两种不同的条件（48小时时的Csa或对照组）。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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