用互补胚胎模型绘制形态毒性图谱

数据集获取

源站：https://doi.org/10.34894/HPYT9N

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数据说明

理解发育毒性需要捕捉定义人类早期胚胎发生的完整形态多样性谱，即形态空间。传统的毒性测试方法依赖动物模型或简化的二维细胞培养，本质上忽视了不同发育阶段与细胞谱系之间微妙的相互作用。为弥补这一空白，我们提出了一种创新的高通量筛选方法，利用三种互补的基于三维干细胞的胚胎模型：植入前阶段的类囊胚，以及植入后早期的类上胚层（EPICs）和类羊膜簇（AMNICs）。这些模型在热成型微孔阵列中培养，并被系统地暴露于一个包含27种广泛使用化合物的文库中。基于图像的自动化分析实现了对形态毒性效应的精确定量。关键发现包括鉴定出抗坏血酸和丙戊酸等化合物，它们在不同胚胎模型中表现出明显且相反的作用，凸显了发育阶段特异性的敏感性。

这一整合性平台强调了互补性胚胎模型在实现稳健且与人类相关的发育毒性评估中的关键作用。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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