主动脉炎样本空间基因表达谱

该数据集为主动脉炎样本的空间基因表达谱数据,来源于ncbi.nlm.nih.gov,采用10X Xenium平台对受试者升主动脉样本进行空间转录组分析

geo
浏览 10
基因组OtherGPL337629606
GSE306150: Spatial gene expression profiling of aortitis samples.

基本信息

模态
基因组
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

主动脉炎样本空间基因表达谱

GSE306150 是一个聚焦主动脉炎的空间基因表达谱数据集,主题为“Spatial gene expression profiling of aortitis samples”,即主动脉炎样本的空间基因表达谱分析。该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov,采用 10X Xenium 平台对受试者升主动脉样本进行空间转录组分析,从空间维度刻画主动脉炎样本中的基因表达情况。数据集在本站归类于心血管系统疾病 / 血管炎方向,包含 1 个数据文件,文件样例为 GSE306150_series_matrix.txt.gz。整体而言,该数据集面向主动脉炎这一血管炎类疾病的空间转录组研究,可为相关研究者提供一份可直接获取的样本级空间基因表达数据资源。

【数据集背景】

主动脉炎属于血管炎范畴,累及主动脉壁,在心血管系统疾病研究中具有重要地位。该数据集以主动脉炎样本为研究对象,标题明确指向“主动脉炎样本的空间基因表达谱”,其目的在于借助空间转录组技术呈现升主动脉样本中的基因表达空间分布信息。数据集由 Dogukan、Mizrak 提交,发布时间为 Aug 22 202,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。本站将其归入心血管系统疾病 / 血管炎分类,主题标签包括 Other、GPL33762 与 9606,其中 9606 对应人类物种标识,GPL33762 为平台相关编号。

【数据内容】

该数据集包含 1 个文件,文件样例为 GSE306150_series_matrix.txt.gz,格式为 GZIP 压缩包。源站描述表明,该数据为对受试者升主动脉样本进行 10X Xenium 分析所得的空间基因表达谱。数据集主题标签涵盖 Other、GPL33762 与 9606。除上述文件与标签信息外,源站未提供更细化的数据内容说明,例如具体样本数量、基因数量、表达矩阵维度等均未在现有信息中给出。

【采集与来源】

数据采集平台为 10X Xenium,采集对象为从受试者体内分离的升主动脉样本,样本来自患有主动脉炎的受试者。数据来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,数据集英文名称为 GSE306150: Spatial gene expression profiling of aortitis samples.,源站标题与英文名称一致。作者为 Dogukan、Mizrak,发布时间为 Aug 22 202。除上述来源与采集信息外,源站未提供关于样本采集流程、伦理审批、受试者纳入标准等更详细的信息。

【适用场景】

该数据集适用于主动脉炎相关的空间转录组研究场景,可用于观察升主动脉样本中基因表达的空间分布特征,支持血管炎病理机制探索、空间表达模式比较等分析方向。由于数据采用 10X Xenium 平台产生,适合开展基于空间位置的基因表达分析。具体适用的分析类型与研究方向,源站未提供进一步说明。

【使用方法】

使用时可先下载数据文件 GSE306150_series_matrix.txt.gz,该文件为 GZIP 压缩包格式,需按对应格式读取。建议先在小样本上核对字段与编码,确认无误后再批量接入,以保证后续分析的准确性。关于文件内部字段的具体含义与编码规范,源站未提供详细说明。

【质量与限制】

该数据集仅包含 1 个文件,数据规模与内容细节在现有信息中较为有限。源站未提供关于数据质量评估、缺失值情况、批次效应、样本量等方面的说明。由于缺少更细化的元数据,使用者在开展分析前需自行核对数据字段与编码,并注意数据集在样本覆盖与信息完整度上的局限。其他质量相关信息源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的作者为 Dogukan、Mizrak,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,发布时间为 Aug 22 202。关于数据集的引用方式与使用许可条款,源站未提供,使用者在引用或再分发前应向来源站核实相关要求。

官方服务

专家保障全链路合规授权与标注交付

陕川双基地 × 超十家三甲医院直连

从合规授权、采集治理、专业标注到数据集交付,我们提供全链路闭环服务,让高质量临床数据即拿即用。

⚡️ 需要原始数据或标注支持?联系我们获取定制方案。

帮我联系

下载信息

注册下载

需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。

暂未开放

公开下载

无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。

免登录

有偿下载

公开数据集受托下载与技术交付服务。

提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)

暂未开放

当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE306150

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

10X Xenium profiling of ascending aorta samples isolated from subjects with aortitis.

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

数据缺失?

依托陕西、四川两大基地,我们与超过十家三甲医院建立直接合作关系,覆盖合规授权、采集治理、专业标注、数据交付的全流程,为AI医疗团队提供即拿即用的高质量临床数据。

⚡️ 需要数据支持或标注服务?立即联系我们获取专业方案。

获取专属数据定制方案