胸主动脉瘤人主动脉单核RNA测序数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE207784

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

在当前的升主动脉疾病模型中，壁细胞发生表型改变，促进细胞外基质破坏和结构弱化。为探索这一生物学过程与数量性状GWAS位点的交叉，我们分析了胸主动脉瘤组织的遗传特征。对来自人类供体的13份样本进行了单核RNA测序，其中6份患有胸主动脉瘤，7份无动脉瘤。随后根据转录谱对单个转录组进行聚类。聚类用于疾病间差异基因表达分析、亚聚类分析，并分析其与遗传性主动脉性状数据的交叉。我们总共对来自无动脉瘤和散发性动脉瘤的人类胸主动脉的71,689个细胞核进行了测序。我们鉴定出14个聚类，对应11种细胞类型，主要为VSMCs，与现有组织学数据一致，但与迄今为止大多数人类主动脉单细胞研究相反。采用无偏方法，我们发现了7个VSMC亚聚类和6个成纤维细胞亚聚类。差异表达基因（DEGs）分析显示，一个VSMC组占据了差异基因表达的大部分。

动脉瘤中的成纤维细胞群体表现出独特的行为，静息态成纤维细胞几乎完全消失。研究利用差异表达基因（DEGs）对主动脉直径和扩张性GWAS位点的基因进行优先级排序，重点突出了成纤维细胞中的JUN、LTBP4和IL34基因，血管平滑肌细胞（VSMCs）中的ENTPD1、PDLIM5、ACTN4和GLRX基因，以及巨噬细胞群体中的LRP1基因。总之，通过核RNA测序，我们描述了健康与动脉瘤性人类升主动脉的细胞多样性。散发性主动脉瘤的特征在于已知细胞类别内的差异基因表达，而非新型细胞形态的出现。主动脉组织的单核RNA测序可用于对主动脉性状位点的基因进行优先级排序。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。