法洛四联症中功能显著的罕见转录因子变异数据集

该数据集包含了93例法洛四联症(TOF)患者的遗传变异数据,主要模态为基因测序数据和SNP阵列数据,覆盖了12个与心脏发育相关的转录因子基因。数据内容涉及罕见变异的鉴定、功能验证(如体外报告基因实验)以及遗传模式分析,主要用于研究先天性心脏病特别是TOF的遗传病因、转录因子功能变异的作用机制,以及次级心场转录网络在疾病发生中的贡献,为精准医学和遗传咨询提供科学依据。

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2016-01-15 更新
先天性心脏病遗传学转录因子功能变异
创建时间2016-01-15
更新时间2016-01-15
原始链接

https://figshare.com/articles/dataset/_Functionally_Significant_Rare_Transcription_Factor_Variants_in_Tetralogy_of_Fallot_/1130068

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资源简介

该数据集针对法洛四联症(TOF)这一心脏流出道畸形,系统研究了12个参与心脏发育的转录因子基因(包括NKX2.5、GATA4、ISL1、TBX20、MEF2C、BOP/SMYD1、HAND2、FOXC1、FOXC2、FOXH、FOXA2和TBX1)中罕见变异的功能影响。研究对93例非综合征性、非孟德尔遗传的TOF患者进行了编码区、5′UTR和3′UTR的测序分析,并利用Illumina Human 660W-Quad SNP阵列检测了拷贝数变异。结果鉴定出6个在体外报告基因实验中显示影响转录激活功能的罕见变异,包括FOXC1 p.P297S、FOXC2 p.Q444R、FOXH1 p.S113T、TBX1 p.P43_G61del PPPPRYDPCAAAAPGAPGP、HAND2 p.A25_A26insAA和FOXC1 p.G378_G380delGGG, A488_491delAAAA。这些变异均为杂合状态,且在可获取亲本样本的情况下均显示为母系遗传。研究表明,在TOF患者中,约3-13%携带具有功能影响的次级心场转录网络罕见遗传变异,为先天性心脏病的遗传机制研究提供了重要数据。

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影像Functionally Significant, Rare Transcription Factor Variants in Tetralogy of Fallot