PRJNA613478：正常与衰竭人类心脏中增强子及启动子使用改变导致差异基因表达

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA613478

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

衰竭心脏的特征是胎儿基因程序重新表达，这一过程既参与心力衰竭的适应也参与其适应不良。为了明确心力衰竭中全基因组增强子和启动子的使用情况，我们应用了基因表达帽分析（CAGE-seq）技术，对健康和衰竭的人类左心室进行检测，以确定与启动子和增强子相关的短RNA。将CAGE-seq数据与RNA测序数据整合后，我们识别出在健康和衰竭的人类左心室中活跃的约17,000个启动子和约1,500个增强子。比较健康和衰竭心脏之间的启动子使用情况，突显了改变氨基末端蛋白质序列的启动子位移。对比健康和衰竭心脏的增强子使用情况，发现大多数差异使用的心力衰竭增强子位于内含子中，且主要集中在内含子的第一个位置，这表明该位置是与心脏组织特异性基因表达变化相关的常见特征。该数据集界定了心力衰竭背后的动态基因组调控景观，并为了解心脏功能障碍的遗传贡献提供了重要资源。

总体设计：对3例健康人和4例衰竭左心室人类样本进行CAGE-seq和RNA测序。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。