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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA310097：慢性阻塞性肺疾病（COPD）患者基因表达

PRJNA310097 是一个收录于 NCBI BioProject 数据库的人类转录组项目，其英文名称为 Gene expression in chronic obstructive pulmonary disease (COPD) patients，源站标题为 Homo sapiens (ID 310097) - BioProject - NCBI。该项目围绕慢性阻塞性肺疾病（COPD）患者的基因表达展开，主题标签为 Transcriptome or Gene expression，属于转录组或基因表达类数据。从数据组织方式来看，BioProject 是围绕某一项研究计划、由单一机构或联合体提交的生物数据集合，它为使用者提供一个统一入口，用以查找该项目所产生的多种类型数据及其相关链接。该数据集在本站被归入循环系统疾病 / 心力衰竭分类之下，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。整体而言，这是一个以人类 COPD 患者为研究对象、聚焦基因表达层面的公共生物项目记录，可供相关领域研究者检索与参考。

【数据集背景】

慢性阻塞性肺疾病是一种以持续气流受限为特征的呼吸系统疾病，其发生发展涉及复杂的分子机制。该 BioProject 以 Homo sapiens 为物种对象，围绕 COPD 患者的基因表达开展研究，旨在从转录组层面获取与疾病相关的表达信息。项目记录本身并不等同于一份具体的实验数据文件，而是作为一项研究计划的汇总入口，将围绕同一目标产生的各类生物数据集中呈现。BioProject 的设立初衷，正是为了解决同一项目数据分散、难以统一检索的问题，使研究者能够从一个记录出发，找到该项目所关联的多种数据类型。该数据集在本站被划入循环系统疾病 / 心力衰竭分类，反映了其在疾病分类体系中的位置。源站未提供该项目的具体研究机构、资助来源及立项时间等信息。

【数据内容】

该数据集的主题标签为 Transcriptome or Gene expression，表明其数据内容属于转录组或基因表达范畴。项目英文名称明确指出研究对象为慢性阻塞性肺疾病（COPD）患者的基因表达。因此，从主题上看，该项目关注的是 COPD 患者样本中基因表达层面的信息。BioProject 记录的作用在于提供指向该项目所产生各类数据的链接，而非直接承载全部原始数据。源站未提供样本数量、测序平台、表达矩阵、差异表达基因列表等具体数据内容信息。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为 Homo sapiens (ID 310097) - BioProject - NCBI，项目编号为 PRJNA310097。BioProject 记录由单一机构或联合体提交，用于汇集与某一研究计划相关的生物数据。源站未提供具体的样本采集方式、采集地点、采集时间、伦理审批信息以及提交机构等细节。

【适用场景】

该数据集适用于与慢性阻塞性肺疾病及基因表达相关的研究场景。研究者可借助该 BioProject 记录，查找该项目所关联的转录组或基因表达数据，用于了解 COPD 患者在基因表达层面的研究资料。同时，由于该记录在本站被归入循环系统疾病 / 心力衰竭分类，也可供关注循环系统疾病与呼吸系统疾病交叉领域的研究者参考。此外，对 BioProject 数据组织方式感兴趣的使用者，也可通过该记录了解项目级数据汇总入口的运作形式。源站未提供该数据集的具体适用分析类型或推荐研究用途。

【使用方法】

使用者可通过 NCBI BioProject 数据库，以项目编号 PRJNA310097 或标题 Homo sapiens (ID 310097) 进行检索，进入该项目的记录页面。BioProject 记录提供指向该项目所产生多种数据类型的链接，使用者可据此进一步访问相关数据资源。源站未提供具体的数据下载格式、分析流程或软件工具建议。

【质量与限制】

该数据集来源于 NCBI BioProject，属于公共生物数据项目记录。BioProject 作为项目汇总入口，其记录本身提供的是指向各类数据的链接，而非经过统一质控的完整数据集。因此，使用者在利用该项目关联数据时，需自行关注具体数据文件的质量情况。源站未提供该项目的样本量、数据完整性、质控标准及已知偏差等信息。

【引用与许可】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，项目编号为 PRJNA310097。源站未提供该项目的具体引用格式、作者列表及许可条款信息。使用者在引用或使用该项目相关数据时，应参考 NCBI BioProject 源站页面的最新说明。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE77344

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA310097

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

测量循环外周全血细胞中全基因组转录本丰度的变化，是研究疾病病理生物学的一种有用方法，可能有助于阐明疾病的生物标志物和分子机制。然而，在这一复杂组织中进行分析的灵敏度和可解释性，受到其异质性的显著影响。因此，有必要对这种异质性进行量化，或是为了将其纳入考量，或是为了更好地建模某些转录本丰度、某些细胞类型与某些指征之间可能存在的相互作用。然而，准确计数构成外周全血的众多组分细胞类型可能成本高昂，并可能进一步使样本采集过程复杂化。已开发出许多方法，从高维转录组数据以及较近期的表观遗传数据中推断样本的组成。这些方法依赖于可获得待计数细胞类型的分离表达谱。这些表达谱具有平台特异性，合适的数据集很少，且生成这些数据集的成本高昂。在Affymetrix Gene ST平台上不存在这样的数据集。

我们提出了一种免费可用且开源的多响应高斯模型，能够从Affymetrix Gene ST表达谱中准确推断外周全血样本的组成。该模型在慢性阻塞性肺疾病（COPD）患者队列中开发，并在慢性心力衰竭患者中进行了测试。总体设计：快速过渡计划（RTP）前瞻性纳入了就诊于圣保罗医院或温哥华综合医院（加拿大温哥华）的慢性阻塞性肺疾病（COPD）患者。就诊于急诊科或就诊于COPD门诊的受试者被邀请同意参与研究。基于从PAXgene血液中提取的总RNA，获得了172个样本的全基因组转录本丰度数据。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别