Cardiopedia-Ligand：心脏功能与转录响应的配体刺激图谱

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1390700

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

大规模扰动图谱已经改变了系统生物学，但人类心脏仍缺乏同等资源，而心脏的收缩功能和转录组状态必须同时测量。在此，我们建立了Cardiopedia-Ligand，一个全面的扰动–功能–转录组图谱，通过用87种配体刺激人类心脏类器官（hCOs）生成，这些配体靶向人类心脏中表达的98种细胞膜受体。我们开发了一种自动化高通量流程，能够实现个体化收缩力测量和单类器官mRNA测序。我们利用该流程定义了已知和此前未识别的功能与转录簇，包括正性肌力药、内皮素肽、细胞外基质调节因子以及多个炎症簇。聚类分析、机器学习和人类心力衰竭活检的“指纹图谱”揭示了配体之间此前未被充分认识的相似性，以及一种驱动射血分数保留型心力衰竭（HFpEF）的干扰素-γ信号特征。

综合来看，这个全面的Cardiopedia-Ligand数据集为探究心脏生物学和人类疾病提供了一个宝贵且易于获取的资源。总体设计：使用包含87种配体和2种化合物的文库刺激人类心脏类器官（hCO），这些配体和化合物靶向人类心脏及hCO中表达的98种受体。在配体刺激后4小时和24小时记录收缩功能。随后，对hCO进行裂解以进行RNA测序，获取与24小时功能时间点相匹配的基因表达特征。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。