PRJNA1302744：SPOP 是病理性心肌肥厚与心力衰竭的关键触发因素
该数据集来自 NCBI，主题为 SPOP 在病理性心肌肥厚与心力衰竭中的作用。研究通过 RNA sequencing 检查心脏特异性过表达 SPOP 小鼠心脏的转录变化，涉及自噬、线粒体代谢和心脏重塑相关基因的差异表达
基本信息
资源简介
PRJNA1302744：SPOP 是病理性心肌肥厚与心力衰竭的关键触发因素
PRJNA1302744 数据集来自 NCBI，主题为 SPOP 在病理性心肌肥厚与心力衰竭中的作用。心肌肥厚是心力衰竭的病理特征，蛋白周转与自噬失调被认为参与其进展。 speckle-type POZ 蛋白（SPOP）作为 Cullin3-RING E3 泛素连接酶复合物的底物衔接蛋白，在蛋白稳态与转录调控中发挥新兴作用。该研究通过 RNA sequencing 检查心脏特异性过表达 SPOP 小鼠心脏的转录变化，揭示自噬、线粒体代谢和心脏重塑相关基因的差异表达，为理解 SPOP 调控肥厚心脏转录景观提供新见解。数据集主题标签为 Transcriptome or Gene expression，本站归类于循环系统疾病 / 心力衰竭。
【数据集背景】
心力衰竭是多种心脏疾病的终末阶段，心肌肥厚是其重要病理特征。蛋白稳态失衡与自噬功能异常已被认为参与心肌肥厚的进展。SPOP 是 Cullin3-RING E3 泛素连接酶复合物的底物衔接蛋白，近年来在蛋白稳态和转录调控中的作用逐渐受到关注。该研究旨在探讨 SPOP 在心肌肥厚与心力衰竭中的功能，通过心脏特异性过表达 SPOP 的小鼠模型结合 RNA sequencing，分析其下游转录变化，从而揭示 SPOP 在肥厚心脏中调控的转录景观。
【数据内容】
该数据集的核心内容是 RNA sequencing 产生的转录组数据，用于检查心脏特异性过表达 SPOP 小鼠心脏中的转录变化。研究通过差异表达分析，识别出参与自噬、线粒体代谢和心脏重塑的基因存在差异表达。这些数据为理解 SPOP 在肥厚心脏中调控的转录程序提供了基础。主题标签为 Transcriptome or Gene expression，表明数据属于转录组或基因表达范畴。关于具体样本数量、测序深度、差异基因数目等细节，源站未提供。
【采集与来源】
数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov。研究采用 αMHC-Cre 系统构建心脏特异性 SPOP 过表达小鼠模型，实验动物为 8–10 周龄雄性小鼠。源站描述在此处中断，后续实验细节未完整给出。RNA sequencing 用于检测小鼠心脏的转录变化。数据提交至 NCBI，本站分类为循环系统疾病 / 心力衰竭。
【适用场景】
该数据集适用于研究 SPOP 在心脏中的转录调控功能，特别是其在病理性心肌肥厚和心力衰竭中的作用。可用于分析自噬、线粒体代谢和心脏重塑相关基因的表达变化，也可作为心脏特异性基因过表达模型转录组研究的参考。适合从事心血管疾病机制、蛋白稳态与泛素化调控、转录组分析的研究人员使用。
【使用方法】
使用者可依据 NCBI 提供的 RNA sequencing 数据进行差异表达分析、通路富集分析等转录组研究。分析时可重点关注自噬、线粒体代谢和心脏重塑相关基因集。由于源站描述未提供完整的实验设计与数据处理细节，使用前应查阅原始数据记录以确认样本分组、测序平台和分析流程。源站未提供具体分析软件或参数建议。
【质量与限制】
该数据集基于小鼠模型，研究结果的外推到人类心脏疾病时需谨慎。源站描述未提供样本量、测序深度、重复数等质量相关信息，也未提供数据完整性说明。实验仅涉及雄性小鼠，性别差异的影响未在描述中说明。源站未提供其他质量控制指标。
【引用与许可】
源站未提供引用方式与许可信息。使用该数据集时应遵循 NCBI 的相关数据使用政策，并查阅原始记录获取引用要求。
下载信息
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暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
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提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
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使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1302744
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
心脏肥大是心力衰竭的病理特征，蛋白质周转和自噬的失调与其进展有关。斑点型POZ蛋白（SPOP）是Cullin3-RING E3泛素连接酶复合物的底物衔接蛋白，在蛋白质稳态和转录调控中发挥着新兴作用。本研究探讨了SPOP在心脏肥大和心力衰竭中的功能。通过RNA测序检测心脏特异性过表达SPOP的小鼠心脏中的转录变化，揭示了参与自噬、线粒体代谢和心脏重构的基因的差异表达。这些数据为肥厚心脏中SPOP调控的转录景观提供了新的见解。总体设计：使用αMHC-Cre系统生成心脏特异性SPOP过表达。取8-10周龄雄性小鼠进行RNA提取和测序。使用TRIzol分离总RNA，通过poly(A)选择制备文库，并在Illumina平台上进行测序。
差异基因表达分析使用DESeq2进行，通路富集分析则采用GO和KEGG注释完成。数据集包括在假手术条件下的对照组（α-MHC-Cre）和SPOP过表达（cKI）小鼠。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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