染色质结构基因表达对健康与疾病状态心脏细胞群体的分层

数据集获取

源站：https://doi.org/10.6084/m9.figshare.30406043

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数据说明

染色质结构在调控基因表达和维持细胞身份中发挥核心作用，然而在心脏疾病中驱动这些过程的结构性因素仍不明确。为探究这些因素能否区分健康与患病的的心脏细胞群体，我们基于广泛的文献综述，构建了一份全面的染色质结构基因列表。将该列表应用于已发表的人类心脏单核RNA测序数据集（包含扩张型心肌病（DCM）与非DCM样本），我们发现染色质结构基因表达能有效按疾病状态区分心肌细胞和成纤维细胞群体。患病心肌细胞表现出收缩基因表达降低和心肌病标志物表达升高，而成纤维细胞则显示出增强的激活特征。在这些因素中，HMGN3成为一个值得关注的候选因子，其在DCM人类患者的心肌细胞中以及小鼠（压力超负荷）和猪（心肌梗死）心力衰竭模型中均表现出一致的下调。

在AC16细胞中进行的功能研究显示，HMGN3的缺失促进了细胞凋亡，引发了基因表达的显著变化，并通过改变H3K27ac组蛋白标记的分布重组了染色质结构。这些发现表明HMGN3可能是病变心肌细胞中染色质架构的潜在调节因子，突显了染色质结构变化在区分病理心脏状态中的效用，并强化了染色质组织在塑造心脏表型中的作用。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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