应激诱导的RNA-染色质相互作用促进内皮功能障碍
该数据集整合了单细胞RNA测序、Hi-C和iMARGI三种模态的分子数据，聚焦于高糖和TNFα应激下内皮细胞中RNA-染色质相互作用的动态变化，旨在揭示染色质相关RNA如何调控基因表达并促进内皮功能障碍，为研究糖尿病等疾病的分子机制提供了关键资源。
基本信息
资源简介
该数据集研究了环境应激（如高糖和TNFα模拟糖尿病常见应激）如何通过调节RNA-染色质相互作用导致内皮细胞功能障碍。数据集包含单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据，用于表征基因表达变化；Hi-C数据，用于分析DNA相互作用；以及iMARGI数据，用于检测RNA-染色质相互作用。研究发现，应激诱导了染色体间RNA-染色质相互作用，特别是在超级增强子区域。通过抑制LINC00607 RNA，证实了这种相互作用与内皮功能障碍相关基因（如SERPINE1）表达之间的因果关系。数据集可用于探索染色质相关RNA在基因表达调控中的作用机制，以及内皮功能障碍在糖尿病等疾病中的分子基础。
下载信息
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使用方式
数据集获取
源站：https://explore.data.humancellatlas.org/projects/87d52a86-bdc7-440c-b84d-170f7dc346d9
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
该数据集研究了环境应激（如高糖和TNFα模拟糖尿病常见应激）如何通过调节RNA-染色质相互作用导致内皮细胞功能障碍。数据集包含单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据，用于表征基因表达变化；Hi-C数据，用于分析DNA相互作用；以及iMARGI数据，用于检测RNA-染色质相互作用。研究发现，应激诱导了染色体间RNA-染色质相互作用，特别是在超级增强子区域。通过抑制LINC00607 RNA，证实了这种相互作用与内皮功能障碍相关基因（如SERPINE1）表达之间的因果关系。数据集可用于探索染色质相关RNA在基因表达调控中的作用机制，以及内皮功能障碍在糖尿病等疾病中的分子基础。
数据加载示例（表格/文本类）
import pandas as pd, glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))
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