应激诱导的RNA-染色质相互作用促进内皮功能障碍
该数据集整合了单细胞RNA测序、Hi-C和iMARGI三种模态的分子数据，聚焦于高糖和TNFα应激下内皮细胞中RNA-染色质相互作用的动态变化，旨在揭示染色质相关RNA如何调控基因表达并促进内皮功能障碍，为研究糖尿病等疾病的分子机制提供了关键资源。
基本信息
资源简介
应激诱导的RNA-染色质相互作用促进内皮功能障碍
【一句话概览】
染色质相关RNA被认为是一种表观基因组修饰因子。本研究以高糖和TNFα模拟糖尿病常见应激，诱导内皮细胞功能障碍，并通过单细胞RNA测序、Hi-C和iMARGI分别表征基因表达、DNA相互作用及RNA-染色质相互作用的变化。高糖和TNFα诱导染色体间RNA-染色质相互作用，尤其在超级增强子之间。抑制LINC00607 RNA可减弱SERPINE1表达，后者是关键的促炎和促纤维化基因。糖尿病与健康供体来源内皮细胞间共表达基因网络的变化也印证了上述相互作用。综上，染色质相关RNA介导的基因表达失调调控内皮细胞功能障碍（来源 explore.data.humancellatlas.org）。
【数据集背景】
本数据集源站标题为《Stress-induced RNA–chromatin interactions promote endothelial dysfunction》。
【数据内容】
源站原始描述：Chromatin-associated RNA (caRNA) has been proposed as a type of epigenomic modifier. Here, we test whether environmental stress can induce cellular dysfunction through modulating RNA-chromatin interactions. We induce endothelial cell (EC) dysfunction with high glucose and TNFα (H + T), that mimic the common stress in diabetes mellitus. We characterize the H + T-induced changes in gene expression by single cell (sc)RNA-seq, DNA interactions by Hi-C, and RNA-chromatin interactions by iMARGI. H + T…
中文译文（机器翻译，仅供快速理解，请以原文为准）：染色质相关RNA(caRNA)已被提出作为一种表观基因组修饰因子。在此，我们检验环境应激是否可通过调控RNA-染色质相互作用诱导细胞功能障碍。我们用高糖和TNFα(H + T)诱导内皮细胞(EC)功能障碍，以模拟糖尿病中常见的应激状态。我们通过单细胞(sc)RNA测序表征H + T诱导的基因表达变化，通过Hi-C表征DNA相互作用，并通过iMARGI表征RNA-染色质相互作用。H + T诱导染色体间的RNA-染色质相互作用，尤其是在超级增强子之间。为检验H + T诱导的RNA-染色质相互作用与EC功能障碍相关基因表达之间的因果关系，我们抑制了LINC00607 RNA。这种抑制减弱了SERPINE1的表达，后者是一个关键的促炎和促纤维化基因。此外，糖尿病与健康供体来源EC之间共表达基因网络的变化印证了H + T诱导的RNA-染色质相互作用。综上所述，caRNA介导的基因表达失调调控EC功能障碍，这是众多疾病背后的一个关键机制。
【主题与分类】
主题标签：endothelial dysfunction、RNA-chromatin interactions、diabetes mellitus、single cell RNA-seq、Hi-C、iMARGI、Homo sapiens、arterial blood vessel、mesenteric artery、endothelial cell of artery。
【获取与许可】
源站页面：https://explore.data.humancellatlas.org/projects/87d52a86-bdc7-440c-b84d-170f7dc346d9
下载信息
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使用方式
数据集获取
源站：https://explore.data.humancellatlas.org/projects/87d52a86-bdc7-440c-b84d-170f7dc346d9
标准获取流程：
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- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
该数据集研究了环境应激（如高糖和TNFα模拟糖尿病常见应激）如何通过调节RNA-染色质相互作用导致内皮细胞功能障碍。数据集包含单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据，用于表征基因表达变化；Hi-C数据，用于分析DNA相互作用；以及iMARGI数据，用于检测RNA-染色质相互作用。研究发现，应激诱导了染色体间RNA-染色质相互作用，特别是在超级增强子区域。通过抑制LINC00607 RNA，证实了这种相互作用与内皮功能障碍相关基因（如SERPINE1）表达之间的因果关系。数据集可用于探索染色质相关RNA在基因表达调控中的作用机制，以及内皮功能障碍在糖尿病等疾病中的分子基础。
数据加载示例（表格/文本类）
import pandas as pd, glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))
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