小鼠中枢神经系统分子分辨率空间图谱
该数据集是一个基于原位测序技术构建的小鼠中枢神经系统（全脑及脊髓）高分辨率三维空间分子图谱，其数据模态包括单细胞基因表达谱和空间位置信息，通过检测超过1,022个基因并整合单细胞RNA测序数据扩展至万余基因，系统注释了分子细胞类型和组织区域，主要应用于研究神经系统的分子解剖结构、细胞类型分类、脑区功能解析以及评估基因治疗载体（如AAV）在中枢神经系统中的靶向分布和可及性。
基本信息
资源简介
小鼠中枢神经系统分子分辨率空间图谱
【数据集背景】
本数据集源站标题为《Spatial Atlas of the Mouse Central Nervous System at Molecular Resolution》。源站首次发布：2023-01-28。
【数据内容】
源站原始描述：Spatially charting molecular cell types at single-cell resolution across the three-dimensional (3D) volume of the brain is critical for illustrating the molecular basis of the brain anatomy and functions. Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) has profiled molecular cell types in the mouse brain, but cannot capture their spatial organization. Here, we employed an in situ sequencing technique, STARmap PLUS, to map 1.09 million high-quality cells across the whole adult mouse brain and the spinal c…
【数据结构与技术规格】
文件数 83 个，合计 29.60 GB。数据集 DOI：10.5281/zenodo.8327576。
【获取与许可】
源站页面：https://zenodo.org/records/8327576
使用许可：cc-by-nc-nd-4.0。
【使用注意】
· 源站最后修改于 2023-09-09，引用时请注意版本时效。
下载信息
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使用方式
数据集获取（Zenodo 公开直链）
源站：https://zenodo.org/record/7579895
（注册/登录后按页面指引下载）
数据说明
该数据集是一个全面的、高分辨率的小鼠中枢神经系统（包括全脑和脊髓）单细胞空间分子图谱。它利用原位测序技术STARmap PLUS，在三维空间中以亚细胞分辨率（体素尺寸为194×194×345 nm³）绘制了超过109万个高质量细胞，并检测了1,022个基因的表达。通过计算流程，数据集注释了230种分子细胞类型和106个分子组织区域。此外，通过整合已发表的单细胞RNA测序图谱，将基因覆盖范围扩展到11,844个基因的单细胞水平。该资源整合了空间分子图谱、细胞分类、大脑解剖结构以及遗传操作（如AAV-PHP.eB载体）的可及性信息，为研究哺乳动物中枢神经系统的分子基础、解剖结构、功能以及基因治疗工具的靶向性提供了系统性的数据支持。
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